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En 1335, Bartolomeo di Giacomo a érigé les trois premiers étages du clocher, qui a été achevé en 1498 par Antonio da Lodi, qui a construit le beffroi de la tour et son couronnement en forme de temple octogonal. Entre la fin du XVIe et le début du XVIIe siècle, l'archevêque Matteo Saminiato restaura l'église et fit exécuter les fonts baptismaux en porphyre de Vérone en 1599. En 1703, un tremblement de terre dévastateur a provoqué l'effondrement de la flèche du clocher. Entre 1764 et 1770, l'archevêque Francesco Brancia a complètement transformé l'église, lui donnant son aspect actuel. La décoration de la voûte a été réalisée au milieu du XIXe siècle par l'artiste local Del Zoppo.
Au XXe siècle, l'architecte Guido Cirilli a réalisé un "design de style" de l'ensemble du complexe religieux. La première phase de l'intervention, dans les années 1910, concernait principalement l'isolation du clocher et sa consolidation. Il a ensuite créé un revêtement pour le bâtiment en l'enfermant dans une enceinte murale qui ne laissait aucune des parties de la construction précédente visible. Il unit le corps de la cathédrale au clocher en concevant un portail à pignon au-dessus duquel s'élève le front de la façade. Il a intégré le clocher à la reconstruction de la flèche. Entre 1970 et 1976, des travaux de restauration et de consolidation ont été effectués sur l'ensemble de la propriété, mettant au jour la structure médiévale précoce de la crypte et détruisant la décoration baroque, grâce à l'intervention du surintendant de l'époque, Mario Moretti.
Le Presbytère et le Secrétariat abritent de belles toiles de Saverio Persico, brillant disciple du peintre napolitain du XVIIIe siècle Francesco Solimena. Le retable principal du Presbytère représente l'Incrédulité de saint Thomas, tandis que les toiles du Secrétariat sont "Le lavement des pieds" et "La Cène". Une toile de Persico est également présente dans la chapelle de l'Immaculée Conception commandée par l'archevêque Nicola Sanchez de Luna (l'autel à gauche du transept). Il est également intéressant de noter la présence d'un autre élève de Solimena : Ludovico de Majo, dont la toile se trouve dans la chapelle dédiée à Saint Gaetano (l'autel à droite du transept). Il convient de noter le précieux chœur en bois réalisé en 1769 par Ferdinado Mosca, le plus grand sculpteur des Abruzzes.
La crypte de la cathédrale de San Giustino présente un plan irrégulier divisé en six petites nefs de deux travées chacune. Aujourd'hui, il semble être entièrement fait de briques avec des éléments en pierre uniquement dans les chapiteaux des colonnes et les pilastres groupés. La crypte conserve des fragments de fresques datant des XIVe et XVe siècles et une arche en marbre contenant les reliques de Saint Justin, patron de Chieti et premier évêque de la ville, sculptée en 1432 par l'évêque Marino del Tocco.
L'image actuelle de la crypte est le résultat de travaux de restauration effectués entre 1970 et 1976, au cours desquels la structure du haut Moyen Âge a été mise en lumière en détruisant la décoration baroque, grâce à l'intervention du surintendant de l'époque, Mario Moretti. Moretti a fait enlever toute la décoration baroque en stuc afin de rétablir l'ancienne disposition médiévale du bâtiment.
À côté de la crypte se trouve la chapelle de l'archiconfrérie du Mont Sacré des Morts, un remarquable exemple de baroque avec de grandioses stucs dorés habilement forgés par le stucateur lombard Giovan Battista Giani, un maître de très belle facture et d'une grande importance pour ce type de décoration dans notre région. L'ensemble de la décoration de la chapelle est hautement symbolique et met en évidence les impératifs du travail de l'Archiconfrérie. Le précieux retable est l'œuvre de Paolo De Mattheis, un artiste de l'école napolitaine de Solimena, et représente une Sancta Maria succurre miseris, rendue avec d'amples draperies et de précieuses couleurs pastel. Remarquez l'Enfant béni, debout sur un coussin sur les jambes de la Vierge, qui tourne son regard, et donc sa bénédiction, vers le spectateur, tandis que la Madone se tourne vers les âmes en bas. La chapelle appartient toujours à l'archiconfrérie du Mont Sacré des Morts de Chieti, une importante et très ancienne congrégation qui veille et garde les rites de la procession du Vendredi Saint.
