Gradnja se je začela v začetku 13.stoletja kot zamenjava za prejšnjo romansko cerkev in se nadaljevala do konca stoletja v lokalnem Šeldskem gotskem slogu (poimenovano po bližnji reki). Za ta slog je značilna uporaba modro-sivega kamna z območja Tournai, en sam velik stolp nad križiščem in vitke kupole na vogalih stavbe.
Zgrajena v starem trgovskem središču Genta ob živahnem Korenmarktu (pšenična tržnica), je bila cerkev svetega Nikolaja priljubljena pri cehih, katerih člani so svoje posle opravljali v bližini. Cehi so imeli svoje kapele, ki so bile ob straneh cerkve dodane v 14.in 15. stoletju.
Osrednji stolp, ki ga je delno financiralo mesto, je služil kot opazovalno mesto in nosil mestne zvonove, dokler ni bil zgrajen sosednji zvonik v Gentu. Ta dva stolpa skupaj s katedralo svetega Bava še vedno določata znamenito srednjeveško obzorje središča mesta. Eden od zakladov cerkve so njene orgle, ki jih je izdelal znani francoski graditelj orgel Aristide Cavaill Marsh-Coll.
Stavba se je skozi stoletja postopoma slabšala do stopnje, ki je ogrožala njeno stabilnost. Razpoke so bile prekrite z ometom, okna so bila zazidana za okrepitev sten, v 18.stoletju pa so bile ob dotrajanih fasadah zgrajene majhne hišice in trgovine. Zanimanje za cerkev kot zgodovinski spomenik se je pojavilo okoli leta 1840, na prelomu 20.stoletja pa so se pojavili veliki obnovitveni načrti. Hiše ob cerkvi so bile porušene in od takrat je bilo izvedenih veliko obnovitvenih del.
