La cosiddetta Chiesa Nuova, o "nuova chiesa", ha sostituito una precedente cappella del XII secolo nel sito dedicato a San Giovanni. È conosciuta anche come Santa Maria in Vallicella, la chiesa della piccola valle. Papa Gregorio XIII donò questa chiesa più antica a San Filippo Neri, uno dei personaggi più interessanti dell'epoca, in riconoscimento della fondazione del sacerdote degli Oratoriani, o Filippini. Come i gesuiti, anche questo fu uno dei numerosi ordini religiosi istituiti nel XVI secolo durante la Controriforma; al suo interno, anche il desiderio di Filippo di imbiancare la chiesa fu tranquillamente dimenticato. Nel 1647 Pietro da Cortona fu incaricato di dipingere un affresco nella navata, nella cupola e nell'abside, un'impresa che gli richiese 20 anni di lavoro. Il risultato è un elaborato e sontuoso ciclo barocco, la Vita e l'Apoteosi di Enea, che compete con gli altri tesori artistici della chiesa, una pala d'altare e un paio di dipinti di Rubens che lo affiancano. Questi sono stati dipinti su ardesia per ridurre gli effetti della luce riflessa. Altrettanto importanti sono la sua Presentazione e la Visitazione, che si trovano rispettivamente nel transetto sinistro e nella quarta cappella della navata sinistra. L'Oratorio dei Filippini si trova all'esterno della chiesa, a sinistra, e risale al 1637-1652 (Aperto: quasi tutte le mattine e per le mostre). La sede di Filippo Neri è preceduta da una idiosincratica facciata curva progettata da Borromini. Qui i seguaci del santo tenevano le loro funzioni musicali. Durante questi anni si sviluppò la forma musicale dell'oratorio, oggi tranquillo, che ospita l'archivio capitolino e la Biblioteca Vallecelliana, la più grande biblioteca di storia e antichità di Roma.
