Byens store råd grundlagde Det Arkæologiske Museum i 1561. I løbet af 1800-tallet blev samlingen af romerske gravsten beriget med P. Vimercati so..i og G. Mantovani og senere med resultaterne af Den arkæologiske Superintendens i Lombardiet. Den forhistoriske sektion indeholder stykker fra den neolitiske periode til jernalderen på Bergamos territorium. Særligt relevant er cinerary urner fra golasecca kirkegård i Brembate di Sotto. Flere stykker fra gravpladser er galliske artefakter og genstande af romersk kultur. Lapidary-sektionen viser romerske gravsten, der vidner om tilstedeværelsen af oprindelige keltiske familier og romerske borgere, der var flyttet nordpå. I det afsnit, der er dedikeret til byen, fortæller vi Bergamos historie, fra den protohistoriske bosættelse Golasecca til det romerske Rådhus. Kalkmalerier i en domus kan dateres mellem slutningen af det første og andet århundrede e. kr. Statuerne tiltrækker opmærksomhed for deres høje kvalitet og for deres antikvitet (i århundrede f.kr.). Den øverste middelalderlige sektion viser Gotiske og lombardiske stykker, herunder et bemærkelsesværdigt krigerarsenal. Nogle guldbladskryds er fremragende kunstværker.
