Stadens stora råd grundade Det arkeologiska museet 1561. Under 1800-talet var samlingen av romerska gravstenar berikad med P. Vimercati Sozzi och G. Mantovani och senare med resultaten av den arkeologiska Superintendensen i Lombardiet. Den förhistoriska sektionen innehåller bitar från den neolitiska perioden till järnåldern på Bergamos territorium. Särskilt relevant är cinerary urnor från golasecca Kyrkogården i Brembate Di Sotto. Flera bitar från begravningsplatser är galliska artefakter och föremål för romersk kultur. Lapidary avsnittet visar romerska gravstenar som vittnar om förekomsten av inhemska keltiska familjer och romerska medborgare som hade flyttat norrut. I avsnittet tillägnad staden berättar vi historien om Bergamo, från den protohistoriska bosättningen av Golasecca till den romerska Rådhuset. Fresker i en domus kan vara daterade mellan slutet av första och andra århundradena A. D. Statyerna lockar uppmärksamhet för sin höga kvalitet och för deras antiken (i-talet f.Kr.). Den övre medeltida delen visar Gotiska och Lombard bitar, inklusive en anmärkningsvärd krigare Arsenal. Några bladguldkors är utmärkta konstverk.
