Het Civic Museum van Palazzo Te is gelegen in de kamers op de bovenste verdieping. Er zijn vier collecties te zien:
Sectie Gonzaghesca De sectie bestaat uit materialen die voornamelijk betrekking hebben op de geschiedenis van mantua in de leeftijd van gonzaga (1328-1707): een Muntencollectie bestaat uit 595 munten die worden geproduceerd door de munt van Mantua, een verzameling van kegels en stoten, de oude reeks gewichten en maten van de staat Mantua, en een collectie van 62 medailles van de familie Gonzaga, en van illustere karakters mantovani.
Donatie " Arnoldo Mondadori" De sectie bestaat uit negentien schilderijen van Federico Zandomeneghi (1841-1917) en van dertien schilderijen van Armando Spadini (1883-1925), verzameld door Arnoldo Mondadori en gedoneerd in 1974 door de erfgenamen van de uitgever van mantuaanse afkomst.
Egyptische collectie " Giuseppe Acerbi " Giuseppe Acerbi (1773-1846), Consul-Generaal van Oostenrijk in Egypte, nam in 1829 deel aan een aantal fasen van de beroemde archeologische expeditie onder leiding van Jean François Champollion. Het was een belangrijke collectie van archeologische materialen, 500 stukken die hij in 1840 doneerde aan de stad Mantua. Nu is zijn collectie volledig te zien in Palazzo Te.
Mesopotamische collectie " Ugo Sissa" De collectie, gevormd door Ugo Sissa, architect en schilder Mantuan (1913-1980), hoofdarchitect in Bagdad tussen 1953 en 1958, bestaat uit ongeveer 250 stukken Mesopotamische kunst die dateren tussen het einde van het zesde millennium v.Chr.
