Civic Museum of Palazzo Te ligger i rummen på övervåningen. Det finns fyra samlingar på displayen:
Gonzaghesca Avsnitt Sektionen består av material som huvudsakligen är relaterade till Mantuas historia i åldern gonzaga (1328-1707): en myntsamling består av 595 mynt som produceras av myntet av Mantua, en samling kottar och slag, den gamla uppsättningen vikter och mått på tillståndet i Mantua och en samling av 62 medaljer av Gonzaga-familjen och av illustriösa tecken mantovani.
Donation " Arnoldo Mondadori" Avsnittet består av nitton målningar av Federico Zandomeneghi (1841-1917), och genom att tretton av Armando Spadini (1883-1925), som samlas in av Arnoldo Mondadori och donerade 1974 av arvingarna för utgivare av mantuan ursprung.
Egyptisk samling " Giuseppe Acerbi " Giuseppe Acerbi (1773-1846), Österrikes generalkonsul i Egypten, deltog 1829 i vissa faser av den berömda arkeologiska expeditionen ledd av Jean François Champollion. Det utgjorde en viktig samling av arkeologiska material, 500 bitar som han 1840 donerade till staden Mantua. Nu är hans samling helt på displayen i Palazzo Te.
Mesopotamian samling " Ugo Sissa" Samlingen består av Ugo Sissa, arkitekt och målare Mantuan (1913-1980), chefsarkitekt i Bagdad mellan 1953 och 1958, består av cirka 250 bitar av mesopotamisk konst dejting mellan slutet av det sjätte årtusendet f.Kr. och slutet av det första årtusendet e. Kr.