La historia de la iglesia de Santa María la Nova está ligada a los primeros movimientos conventuales. La primera comunidad franciscana de Nápoles (1216) se instaló sobre las ruinas de una villa romana, fundando Santa Maria ad Palatium en el lugar donde más tarde se levantaría el Castel Nuovo. Cuando Cario I de Anjou confiscó la zona y dio a los franciscanos otro terreno para construir el nuevo monasterio, se construyó el actual emplazamiento, que tomó el nombre de Santa María La Nova (1279).
El aspecto actual del edificio es el del siglo XVI, ya que fue reconstruido por Giovanni Cola di Franco (1596-1599). El interior, enriquecido en varias ocasiones, está dominado por el techo, otro ejemplo, después de San Gregorio Armeno, de carpintería de madera, tallada y dorada, en el que se incrustan cuarenta y seis paneles, pintados de 1598 a 1603. Desde la fachada también se ve la capilla de San Giacomo della Marca, pintada al fresco por Massimo Stanzione con escenas de la vida del santo (c. 1644-1646). El convento cuenta con un refectorio y dos claustros, el más pequeño de los cuales fue pintado al fresco en la primera mitad del siglo XVII con motivos grotescos y escenas de la vida de Santiago de las Marcas.
