Kutsal alan, Cortona ve Fransisken tersiyeri'nin himayesi olan Santa Margherita figürüne ve gözlemci Fransiskanların müteakip kültürel ve manevi faaliyetlerine adanmıştır. Azizin ölümünde (22 Şubat 1297) onuruna, Margherita'nın kefaret ve dua yeri olarak seçtikten sonra restore ettiği eski San Basilio Kilisesinin yanında bir kilise inşa edilmesine karar verildi. 1304'te kutsal bina çoktan inşa edildi, ancak on Dördüncü Yüzyıl boyunca önemli fresklerle süslenmeye devam etti. Piskoposluk Müzesi'nde bu duvar döngüsünün sadece birkaç parçası bize geldi, ancak on yedinci yüzyılın bir kodunda, duvar resimlerinin 1653'te kaybedilen yirmi bir suluboya sahnesiyle belgelendiğine dair kanıtlar korunuyor. kötü Koruma durumlarından dolayı yıkandılar. Hayatta kalan parçaların analizi, onları 1335 civarında tarihlendirmeye ve onları Lorenzetti kardeşlerden birinin veya her ikisinin atölyesine bağlamaya götürür. 1385'te kilise, 1389'da hala onunla ilgilenen ve ziyaretçileri ağırlayan gözlemci küçükler tarafından değiştirilen Olivetan rahiplerine emanet edildi. Ağustos 1927'de Küçük bazilika'nın onuruna yükseltildi.
