Els frescos que decoren la Cripta d'Epifani es troben entre els exemples més importants de la pintura europea altmedieval, per la qualitat tècnica i formal, la complexitat dels temes representats i l'excel·lent estat de conservació.Les representacions comencen amb la imatge d'una mà estesa, sobre la finestra del braç nord, símbol de la mà del Pare Etern que al·ludeix a l'origen sobrenatural de la llum, vehicle de revelació de la Veritat. El mur de llevant narra l'Encarnació del Verb en Crist, la renovació de l'aliança amb l'home que permet la seva salvació (l'Anunciació; l'embaràs de Maria; la nativitat; el rentat de Crist; la Crucifixió, sota la qual es representa l'abat Epifani). ; la visita del Pie Donne al Sant Sepulcre i Crist, Sant Llorenç i Santo Stefano dins d'un nínxol). A la dreta del braç oriental hi ha la representació de Maria Regina asseguda al tron, vestida d'emperadriu bizantina. Sosté el nen Jesús als seus braços sostenint el rotlle de la llei que renova el pacte de l'aliança entre Déu i l'home. Als peus de les figures hi ha retrats de personatges no identificatsAl mur de ponent, però, es narra el testimoni d'aquells que van optar per creure en Jesús acceptant el martiri. El grup de representacions s'inicia amb el descens de Crist al Llimb, pintat a la volta sobre l'entrada, seguit, a la paret, d'una teoria de les santes en l'acte d'oferir a Crist la corona de joies, símbol del seu martiri i, per sobre més enllà de l'absis central, les tortures de Sant Llorenç i Sant Esteban, separats per una fornícula amb la representació d'un diaca en pregària.La narració arriba al seu punt culminant a l'absis on es representen alguns elements de les visions de Joan Evangelista i reportats al Llibre de l'Apocalipsi (els quatre àngels als quatre angles de la terra per contenir els vents i el cinquè àngel, potser Crist). ell mateix, que ascendeix d'Orient amb el segell del Déu vivent). A sobre de la figura del cinquè àngel hi ha novament Maria Regina, asseguda en un tron, a les mans té un llibre obert amb els primers versos del "Magnificat" amb els quals agraeix a Déu la seva maternitat miraculosa. La seva posició podria al·ludir al paper de mediador entre Déu jutge i la humanitat. Sota els peus del cinquè àngel també hi ha restes d'una petita figura agenollada, que les lletres supervivents de la inscripció permeten identificar amb un bisbe "episc[opus]", el probable comissari de les obres. Finalment, la imatge de Crist Pantocràtor és central en el punt on es creuen els braços.La banda decorativa que recorre la part baixa dels murs reprodueix els motius de les teles que s'utilitzaven per penjar a les parets de les esglésies; en concret, davant de l'entrada, es representa un nus apotropaic que servia per allunyar les forces del mal. Finalment, a l'absis es reprodueixen pelicans que, en el simbolisme cristià, són una metàfora de Crist que es sacrifica a l'Últim Sopar, perquè per alimentar les cries els trenquen la pell oferint la seva pròpia sang.