Стенописите, украсяващи криптата на Епифаний, са сред най-важните свидетелства на ранносредновековната европейска живопис поради техническото и формалното си качество, сложността на изобразените теми и отличното им състояние на съхранение.Изображенията започват с образа на протегната ръка над прозореца на северния ръкав, символизиращ ръката на Вечния Отец, намекващ за свръхестествения произход на светлината, средство за разкриване на Истината. На източната стена се разказва за Въплъщението на Словото в Христос, за подновяването на завета с човека, което позволява неговото спасение (Благовещение; бременността на Мария; Рождество Христово; умиването на Христос; Разпятието, под което е изобразен абат Епифаний; посещението на благочестивите жени на Божи гроб и в една ниша Христос, свети Лаврентий и свети Стефан). Отдясно на източното рамо е изобразена Мария Царица, седнала на трон, облечена като византийска императрица. Тя държи в ръцете си бебето Исус, а в ръцете си държи свитъка на закона, с който се подновява заветът за съюз между Бога и човека. В краката на фигурите са разположени неидентифицирани фигури.На западната стена са изобразени свидетелствата на онези, които са избрали да повярват в Исус, като са приели мъченическа смърт. Групата от изображения започва със слизането на Христос в Лимбо, изписано в свода над входа, последвано от, на стената: теория на светците в акта на поднасяне на Христос на скъпоценния венец, символ на тяхното мъченичество, и, отвъд централната апсида, мъченията на Свети Лаврентий и Свети Стефан, разделени от ниша с изображение на молещ се дякон.Разказът достига своята кулминация в апсидата, където са изобразени някои елементи от виденията на евангелист Йоан, записани в Откровението на Йоан (четиримата ангели на четирите ъгъла на земята, които задържат ветровете, и петият ангел, може би самият Христос, който се издига от изток с печата на живия Бог). Над фигурата на петия ангел отново е изобразена Мария Царица, седнала на трон, в ръцете си тя държи отворена книга с първите стихове на "Magnificat", с които благодари на Бога за чудотворното си майчинство. Положението ѝ може да намеква за ролята ѝ на посредник между Бога съдия и човечеството. Под краката на петия ангел има и следи от малка, прегърбена фигура, която запазените букви от надписа ни позволяват да идентифицираме с епископ "episc[opus]", вероятния възложител на творбата. Централно място заема изображението на Христос Пантократор в точката, където се пресичат ръцете.Декоративната ивица, минаваща по долната част на стените, възпроизвежда мотивите на тъканите, които някога са висели по стените на църквите; по-специално, срещу входа е изобразен апотропеен възел, който е служил за предпазване от силите на злото. И накрая, в апсидата има репродукции на пеликани, които в християнската символика са метафора на Христос, който се жертва на Тайната вечеря, тъй като, за да нахранят малките си, те разкъсват кожата си, предлагайки собствената си кръв.
