Freske, ki krasijo Epifanijevo kripto, so zaradi svoje tehnične in formalne kakovosti, kompleksnosti upodobljenih tem in odličnega stanja ohranjenosti med najpomembnejšimi pričevanji zgodnjesrednjeveškega evropskega slikarstva.Upodobitve se začnejo s podobo iztegnjene roke nad oknom severnega rokava, ki simbolizira roko večnega Očeta in namiguje na nadnaravni izvor svetlobe, ki je sredstvo razodetja Resnice. Na vzhodni steni se pripoveduje o utelešenju Besede v Kristusu, obnovi zaveze s človekom, ki omogoča njegovo odrešenje (oznanjenje; Marijina nosečnost; rojstvo; umivanje Kristusa; križanje, pod katerim je upodobljen opat Epifanij; obisk pobožnih žena pri Božjem grobu in v niši Kristus, sveti Laurencij in sveti Štefan). Na desni strani vzhodne roke je upodobljena Marija Kraljica, ki sedi na prestolu in je oblečena kot bizantinska cesarica. V naročju drži dojenčka Jezusa, v rokah pa ima zvitek zakona, ki obnavlja zavezniško pogodbo med Bogom in človekom. Ob nogah figur so neidentificirane figure.Na zahodni steni je upodobljeno pričevanje tistih, ki so se odločili verjeti v Jezusa in sprejeli mučeništvo. Skupina upodobitev se začne s Kristusovim spustom v Limbo, naslikanim v skledi nad vhodom, ki mu na steni sledijo: teorija svetnikov, ki Kristusu ponujajo draguljsko krono, simbol njihovega mučeništva, za osrednjo apsido pa mučenje svetega Laurenca in svetega Štefana, ki ju ločuje niša z upodobitvijo molivca diakona.Pripoved doseže vrhunec v apsidi, kjer so upodobljeni nekateri elementi videnj, ki jih je imel Janez Evangelist in so zapisana v Razodetju (štirje angeli na štirih vogalih zemlje, ki zadržujejo vetrove, in peti angel, morda sam Kristus, ki se dviga z vzhoda z pečatom živega Boga). Nad podobo petega angela je spet Marija Kraljica, ki sedi na prestolu, v rokah pa drži odprto knjigo s prvimi verzi "Magnificat", s katerimi se Bogu zahvaljuje za svoje čudežno materinstvo. Njen položaj morda namiguje na njeno vlogo posrednice med Bogom sodnikom in človeštvom. Pod nogami petega angela so tudi sledovi majhnega, sklonjenega lika, ki ga lahko na podlagi ohranjenih črk napisa poistovetimo s škofom "episc[opus]", verjetnim naročnikom dela. Osrednja je podoba Kristusa Pantokratorja na mestu, kjer se roke križajo.Okrasni pas, ki poteka vzdolž spodnjega dela sten, povzema motive tkanin, ki so včasih visele na stenah cerkva; zlasti nasproti vhoda je upodobljen apotropejski vozel, ki je služil za odganjanje sil zla. V apsidi so upodobljeni pelikani, ki so v krščanski simboliki prispodoba Kristusa, ki se je žrtvoval pri zadnji večerji, saj si, da bi nahranili svoje mladiče, raztrgajo kožo in ponudijo svojo kri.
