Os frescos que decoram a Cripta de Epifânio estão entre os exemplos mais importantes da pintura europeia medieval precoce, devido à sua qualidade técnica e formal, à complexidade dos temas retratados e ao seu excelente estado de conservação.As representações começam com a imagem de uma mão estendida, acima da janela do braço norte, simbolizando a mão do Pai Eterno, aludindo à origem sobrenatural da luz, o veículo para a revelação da Verdade. No muro leste, é narrada a Encarnação do Verbo em Cristo, a renovação da aliança com o homem que permite a sua salvação (a Anunciação; a gravidez de Maria; o nascimento; a lavagem de Cristo; a Crucificação, sob a qual o Abade Epifânio é representado; a visita das Pias ao Santo Sepulcro e dentro de um nicho Cristo, São Lourenço e São Estêvão). À direita do braço oriental está a representação de Maria Rainha sentada num trono, vestida como uma imperatriz bizantina. Ela segura o menino Jesus nos seus braços, segurando o pergaminho da lei que renova o pacto de aliança entre Deus e o homem. Aos pés das figuras estão figuras não identificadas.O muro ocidental retrata o testemunho daqueles que escolheram acreditar em Jesus, aceitando o martírio. O grupo de representações começa com a descida de Cristo ao Limbo, pintado na abóbada acima da entrada, seguida, na parede: uma teoria dos santos no acto de oferecer a Cristo a coroa de jóias, símbolo do seu martírio, e, para além da abside central, as torturas de São Lourenço e São Estêvão, separadas por um nicho com a representação de um diácono orante.A narrativa atinge o seu clímax na abside onde alguns elementos das visões que João Evangelista teve e registrou no Livro do Apocalipse são retratados (os quatro anjos nos quatro cantos da terra para conter os ventos e o quinto anjo, talvez o próprio Cristo, levantando-se do Oriente com o selo do Deus vivo). Acima da figura do quinto anjo está novamente Maria Rainha, sentada num trono, nas suas mãos segura um livro aberto com os primeiros versos do "Magnificat" com o qual agradece a Deus pela sua miraculosa maternidade. A sua posição pode fazer alusão ao seu papel de mediadora entre Deus, o juiz, e a humanidade. Sob os pés do quinto anjo há também vestígios de uma pequena figura genuflectida, que as letras sobreviventes da inscrição nos permitem identificar com um bispo "episc[opus]", o provável comissário da obra. Central é a imagem de Cristo Pantocrator no ponto em que as armas se cruzam.A faixa decorativa que corre ao longo da parte inferior das paredes reproduz os motivos dos tecidos que costumavam ser pendurados nas paredes das igrejas; em particular, em frente à entrada, é representado um nó apotropaico, que serviu para afastar as forças do mal. Finalmente, na abside há reproduções de pelicanos que, no simbolismo cristão, são uma metáfora para Cristo sacrificando-se na Última Ceia, porque para alimentar os seus jovens rasgam a sua pele oferecendo o seu próprio sangue.