De fresco's die de Crypte van Epiphanius versieren, behoren tot de belangrijkste voorbeelden van vroegmiddeleeuwse Europese schilderkunst, vanwege hun technische en formele kwaliteit, de complexiteit van de afgebeelde thema's en hun uitstekende staat van bewaring.De voorstellingen beginnen met de afbeelding van een uitgestrekte hand, boven het raam van de noordelijke arm, die de hand van de Eeuwige Vader symboliseert en zinspeelt op de bovennatuurlijke oorsprong van het licht, het voertuig voor de openbaring van de Waarheid. Op de oostelijke muur wordt de Menswording van het Woord in Christus verteld, de vernieuwing van het verbond met de mens die zijn verlossing mogelijk maakt (de Aankondiging; de zwangerschap van Maria; de Geboorte; de wassing van Christus; de Kruisiging, waaronder abt Epiphanius is afgebeeld; het bezoek van de Vrome Vrouwen aan het Heilig Graf en binnen een nis Christus, de heilige Laurence en de heilige Stefanus). Rechts van de oostelijke arm is de voorstelling van Maria Koningin, gezeten op een troon, gekleed als een Byzantijnse keizerin. Zij houdt het kindje Jezus in haar armen en houdt de boekrol van de wet vast die het verbond tussen God en mens vernieuwt. Aan de voeten liggen niet-geïdentificeerde figuren.De westelijke muur toont het getuigenis van hen die ervoor kozen in Jezus te geloven door het martelaarschap te aanvaarden. De groep afbeeldingen begint met de afdaling van Christus in het voorgeborchte, geschilderd in het gewelf boven de ingang, gevolgd door, op de muur: een theorie van heiligen die Christus de juwelenkroon aanbieden, symbool van hun martelaarschap, en, voorbij de centrale apsis, de martelingen van de heilige Laurence en de heilige Stefanus, gescheiden door een nis met de afbeelding van een biddende diaken.Het verhaal bereikt zijn hoogtepunt in de apsis, waar enkele elementen van de visioenen die Johannes de Evangelist had en die in het boek Openbaring zijn opgetekend, zijn afgebeeld (de vier engelen aan de vier hoeken van de aarde om de winden tegen te houden en de vijfde engel, misschien Christus zelf, die uit het Oosten oprijst met het zegel van de levende God). Boven de figuur van de vijfde engel staat opnieuw Maria Koningin, gezeten op een troon, in haar handen houdt zij een opengeslagen boek met de eerste verzen van het 'Magnificat' waarmee zij God dankt voor haar wonderbaarlijke moederschap. Haar positie zou kunnen verwijzen naar haar rol als middelares tussen God de rechter en de mensheid. Onder de voeten van de vijfde engel zijn er ook sporen van een kleine, gebogen figuur, die we op grond van de overgebleven letters van de inscriptie kunnen identificeren met een "episc[opus]" bisschop, de vermoedelijke opdrachtgever van het werk. Centraal staat de afbeelding van Christus Pantocrator op het punt waar de armen elkaar kruisen.De decoratieve band die langs de onderkant van de muren loopt, reproduceert de motieven van de stoffen die vroeger aan de muren van de kerken hingen; in het bijzonder is tegenover de ingang een apotropische knoop afgebeeld, die diende om de krachten van het kwaad af te weren. In de apsis ten slotte zijn reproducties van pelikanen te zien, die in de christelijke symboliek een metafoor zijn voor Christus die zich opofferde tijdens het Laatste Avondmaal, omdat zij om hun jongen te voeden hun huid scheuren en hun eigen bloed aanbieden.