Freski zdobiące Kryptę Epifaniusza należą do najważniejszych przykładów wczesnośredniowiecznego malarstwa europejskiego, ze względu na ich jakość techniczną i formalną, złożoność przedstawianych tematów oraz doskonały stan zachowania.Przedstawienia rozpoczyna wizerunek wyciągniętej ręki, nad oknem północnego ramienia, symbolizujący rękę Ojca Przedwiecznego, nawiązujący do nadprzyrodzonego pochodzenia światła, nośnika objawienia Prawdy. Na ścianie wschodniej prowadzona jest narracja o Wcieleniu Słowa w Chrystusie, odnowieniu przymierza z człowiekiem, które umożliwia jego zbawienie (Zwiastowanie; ciąża Maryi; Narodzenie; obmycie Chrystusa; Ukrzyżowanie, pod którym przedstawiony jest opat Epifaniusz; wizyta Kobiet Pobożnych w Grobie Pańskim i wewnątrz niszy Chrystus, św. Wawrzyniec i św. Szczepan). Po prawej stronie wschodniego ramienia znajduje się przedstawienie Maryi Królowej siedzącej na tronie, ubranej jak bizantyjska cesarzowa. Na rękach trzyma Dzieciątko Jezus, w ręku trzyma zwój prawa odnawiający przymierze między Bogiem a człowiekiem. U jej stóp stoją niezidentyfikowane postacie.Ściana zachodnia przedstawia świadectwo tych, którzy zdecydowali się uwierzyć w Jezusa, przyjmując męczeństwo. Grupa przedstawień rozpoczyna się zejściem Chrystusa do Otchłani, namalowanym na sklepieniu nad wejściem, następnie na ścianie znajdują się: teoria świętych w akcie ofiarowania Chrystusowi perłowej korony, symbolu ich męczeństwa, a za centralną absydą tortury św. Wawrzyńca i św. Szczepana, rozdzielone niszą z przedstawieniem modlącego się diakona.Laurencji i św. Szczepana, rozdzielonych niszą z przedstawieniem modlącego się diakona. Narracja osiąga swój punkt kulminacyjny w absydzie, gdzie przedstawione są niektóre elementy wizji, jakie miał Jan Ewangelista, a które zostały zapisane w Księdze Apokalipsy (czterej aniołowie na czterech krańcach ziemi, aby powstrzymać wiatry, oraz piąty anioł, być może sam Chrystus, powstający ze wschodu z pieczęcią Boga żywego). Nad postacią piątego anioła znajduje się ponownie Maryja Królowa, siedząca na tronie, w rękach trzyma otwartą księgę z pierwszymi wersami "Magnificat", którymi dziękuje Bogu za cudowne macierzyństwo. Jej pozycja może nawiązywać do roli pośredniczki między Bogiem Sędzią a ludzkością. Pod stopami piątego anioła znajdują się także ślady małej, uklękniętej postaci, którą zachowane litery inskrypcji pozwalają zidentyfikować jako biskupa "episc[opus]", prawdopodobnego zleceniodawcę dzieła. Centralne miejsce zajmuje wizerunek Chrystusa Pantokratora w miejscu przecięcia się ramion.Pas dekoracyjny biegnący wzdłuż dolnej części ścian odtwarza motywy tkanin, które niegdyś wisiały na ścianach kościołów; w szczególności, naprzeciwko wejścia, przedstawiony jest węzeł apotropaiczny, który służył do odpędzania sił zła. Wreszcie w absydzie znajdują się reprodukcje pelikanów, które w symbolice chrześcijańskiej są metaforą poświęcenia się Chrystusa podczas Ostatniej Wieczerzy, ponieważ aby nakarmić swoje młode rozdzierają skórę ofiarowując własną krew.
