Freskoerne i Epiphanius-krypten er blandt de vigtigste vidnesbyrd om tidlig middelalderlig europæisk maleri på grund af deres tekniske og formelle kvalitet, kompleksiteten af de afbildede temaer og deres fremragende bevaringstilstand.Afbildningerne begynder med billedet af en udstrakt hånd over vinduet i den nordlige arm, som symboliserer den evige Faders hånd og hentyder til lysets overnaturlige oprindelse, som er et middel til at åbenbare sandheden. På østvæggen fortælles der om ordets inkarnation i Kristus, om fornyelsen af pagten med mennesket, som gør det muligt at blive frelst (bebudelsen, Marias graviditet, fødslen, vaskningen af Kristus, korsfæstelsen, hvorunder abbed Epiphanius er afbildet, de fromme kvinders besøg ved den hellige grav og i en niche Kristus, Sankt Laurentius og Sankt Stefan). Til højre på den østlige arm er Maria dronning afbildet siddende på en trone, klædt som en byzantinsk kejserinde. Hun holder Jesusbarnet i sine arme og holder lovrullen, som fornyer pagten mellem Gud og mennesker. Ved figurernes fødder står uidentificerede figurer.Vestvæggen viser vidnesbyrdet om dem, der valgte at tro på Jesus ved at acceptere martyrdøden. Gruppen af skildringer begynder med Kristi nedstigning til Limbo, malet i hvælvingen over indgangen, efterfulgt af, på væggen: en teori om helgener, der er i færd med at tilbyde Kristus den juvelbesatte krone, symbolet på deres martyrium, og, bag den centrale apsis, Laurentius' og Stefans' tortur, adskilt af en niche med en skildring af en bedende diakon.Fortællingen når sit højdepunkt i apsis, hvor nogle elementer af de visioner, som evangelisten Johannes havde, og som er beskrevet i Johannes' Åbenbaring, er afbildet (de fire engle ved jordens fire hjørner, der holder vindene tilbage, og den femte engel, måske Kristus selv, der stiger op fra øst med den levende Guds segl). Over den femte engels figur ses igen Maria, dronning, siddende på en trone, med en åben bog med de første vers af "Magnificat" i hænderne, med hvilken hun takker Gud for sit mirakuløse moderskab. Hendes stilling kan hentyde til hendes rolle som mægler mellem Gud som dommer og menneskeheden. Under den femte engels fødder er der også spor af en lille, knæbøjet figur, som de bevarede bogstaver i indskriften gør det muligt at identificere med en "episc[opus]"-biskop, den sandsynlige bestiller af værket. Centralt er billedet af Kristus Pantokrator i det punkt, hvor armene krydser hinanden.Det dekorative bånd, der løber langs den nederste del af væggene, gengiver motiverne fra de stoffer, der tidligere hang på kirkernes vægge; over for indgangen er der bl.a. afbildet en apotropaisk knude, som skulle afværge de onde kræfter. Endelig er der i apsis gengivet pelikaner, som i den kristne symbolik er en metafor for Kristus, der ofrer sig selv ved den sidste nadver, fordi de for at brødføde deres unger river deres hud af og tilbyder deres eget blod.