Crkva Svetog Franje osnovana je sredinom 200-ih San Francesco, koji je u tim godinama živio u Massa Marittima kako bi pomogao u formiranju prve jezgre redovnika reda. Struktura crkve, povezana s samostanom, iznimno je jednostavna, u gotičkom stilu s jedinstvenim nefom i lukovima ogivali podrške i izvorno se nalazila unutar gradskih zidina. Vani su bili veliki šiljasti prozori. Crkva je doživjela mnoge promjene, uglavnom zbog propadanja tla zbog potresa, a Nef je smanjen 1529. godine i nekoliko puta u 18. i 19. stoljeću. Danas, od izvorne strukture, ostaje samo dio apsida i dijela Nefa, dok je unutar grobnice Bindoccio, sina Margherita Aldobrandeschi i Nell ' Pannocchieschi (oženjen u prvom braku s pobožnom Ptolomejom). Neke slike Raphael Vanni iz 17. stoljeća nalaze se u blizini tri oltara.
