Die Gräber wurden aus dem Inneren der ehemaligen Franziskuskirche, die heute eine monumentale Ruine ohne Dach ist, in den Unterportikus gebracht und dort 1659 wieder aufgestellt. In seiner heutigen Form ist der Säulengang jedoch das Ergebnis eines neugotischen Umbaus, der 1850 von dem Ingenieur Filippo Bandini durchgeführt wurde. Das Grabmal von Paola Bianca Malatesti, der ersten Frau von Pandolfo III., ist mit Statuetten, Kragsteinen, Hängebögen und gedrehten Säulen geschmückt, die das Bild der Verstorbenen krönen, das auf dem Deckel des kunstvollen Sarkophags liegt. Es handelt sich um ein authentisches Meisterwerk der spätgotischen Bildhauerkunst venezianischer Herkunft von Maestro Filippo di Domenico. Bescheidener ist das Grabmal von Bonetto da Castelfranco, das von Sigismondo Malatesti in Auftrag gegeben wurde, um die sterblichen Überreste seines treuen Arztes aufzunehmen. Auf der gegenüberliegenden Seite des Portals befindet sich das Renaissance-Grabmal von Pandolfo III. Malatesti, das von seinem Sohn Sigismondo in Auftrag gegeben wurde, der den Entwurf höchstwahrscheinlich Leon Battista Alberti anvertraute. Bei den kürzlich durchgeführten Restaurierungsarbeiten an dem gesamten Monumentalkomplex wurde unerwartet die mumifizierte Leiche von Pandolfo III. gefunden.
