Unikalus muziejus skirtas 6000 metų duonos, kaip nepakeičiamo žmonijos kultūros ir civilizacijos pagrindo, istorijai. Už jo sukūrimą ir plėtrą atsakingas dešimtmečius trukęs asmeninis Willy Eiseleno (1896-1981) ir jo sūnaus Hermanno Eiseleno (gimusio 1926 m.) įsipareigojimas. Abu jie vertėsi kepinių ingredientų gamyba ir pardavimu ir buvo vieni pagrindinių kepinių prekybos tiekėjų.
Abu verslininkai 1955 m. įkūrė muziejų kaip asociaciją "Vokiečių duonos muziejus". Pirmoji nuolatinė ekspozicija įrengta 1960 m. Tai buvo pirmasis ir daugelį metų vienintelis tokio pobūdžio muziejus pasaulyje. Tai buvo griežtai privati įstaiga, finansuojama steigėjų lėšomis. 1991 m. muziejaus finansavimą perėmė nepriklausoma labdaros įstaiga Eiseleno fondas; tuo pat metu muziejus persikėlė į istorinį sandėlį Salzstadel Ulmo centre.
Čia muziejus suklestėjo, o 2004 m. sulaukė milijoninio lankytojo.