2001-ben Carlo Maria Martini bíboros nyitotta meg, akinek 2017-ben nevezték el, a múzeum egy fontos projekt érkezési pontja, amelyhez a huszadik század Milánói Érsekeinek néhány legnagyobb alakja döntő hozzájárulást adott. Eredete az áldott Ildefonso Schuster első intuíciójára nyúlik vissza 1931-ben, majd Montini bíboros vette fel 1960-ban, amely az új múzeum székhelyeként jelzi Sant ' Eustorgio kolostorait, az Ambrosian kereszténység történetének egyik kulcsfontosságú helyét. Végül Martini bíborost a nyolcvanas években bízták meg azzal a nehéz feladattal, hogy megkezdje a második világháború bombázása által súlyosan megrongált kolostorok újjáépítési munkáját, amelyet a Belgiojoso stúdióra bíztak.Itt volt az első Dominikai kolostor Milánóban, a tizenharmadik századtól kezdve, és a két kolostor, ahol a Sant ' Eustorgio bazilika Múzeuma és az Egyházmegyei Múzeum található, az ősi kolostor maradványai.
Az Egyházmegyei Múzeum állandó gyűjteménye, amely a második kolostort foglalja el, több mint ezer műből áll a II. Az Érseki hivatalból jöttek a milánói érsek gyűjteményei (a Monti, Visconti, Riccardi, Pozzobonelli gyűjtemény része, valamint a teljes Erba Odescalchi gyűjtemény).
Az egyházmegye templomaiból származó festmények mellett a múzeum a liturgikus bútorok jelentős csoportját őrzi. A gyűjteményt az aranyalapoknak szentelt szekció egészíti ki (a tizennegyedik és tizenötödik századi, többnyire toszkán, amelyet Alberto Crespi professzor gyűjtött össze és adományozott a múzeumnak), valamint Caterina Marcenaro gyűjteményéből származó szobrok és festmények, a Sozzani gyűjtemény rajzai és az értékes Schubert-örökség.
Végre, egy első magja szobrászati alkotások Lucio Fontana, volt, ki számos működik a XX-XXI század, egy nyilatkozat a növekvő érdeklődés a múzeum a korszerűség.
