Freske koje ukrašavaju Epifanijevu kriptu spadaju u najznačajnije primjere ranosrednjovjekovnog evropskog slikarstva, zbog tehničkog i formalnog kvaliteta, složenosti prikazanih tema i odličnog stanja očuvanosti.Predstave počinju slikom ispružene ruke, iznad prozora sjevernog kraka, simbola ruke Vječnog Oca koji aludira na natprirodno porijeklo svjetlosti, sredstvo otkrivanja Istine. Istočni zid pripovijeda o utjelovljenju Riječi u Kristu, obnovi saveza s čovjekom koji omogućava njegovo spasenje (Navještenje; trudnoća Marijina; rođenje; umivanje Kristovo; Raspeće, ispod kojeg je prikazan iguman Epifanije ; posjeta Pie Donne Svetom grobu i Kristu, San Lorenzo i Santo Stefano unutar niše). Na desnoj strani istočnog kraka je prikaz Marije Regine koja sjedi na prijestolju, obučena kao vizantijska carica. Ona drži bebu Isusa u naručju držeći svitak zakona koji obnavlja pakt saveza između Boga i čovjeka. U podnožju figura su portreti neidentifikovanih likovaNa zapadnom zidu je, međutim, ispričano svjedočanstvo onih koji su odlučili vjerovati u Isusa prihvaćajući mučeništvo. Grupa predstava počinje Hristovim silaskom u Limbo, naslikana na svodu iznad ulaza, a zatim, na zidu, sledi teorija o sveticama u činu prinošenja Hristu krune ukrašene draguljima, simbola njihovog mučeništva i iznad iza centralne apside, torture San Lorenzo i Santo Stefano, odvojene nišom sa prikazom đakona u molitvi.Pripovijest dostiže svoj vrhunac u apsidi gdje su prikazani neki elementi vizija Jovana Evanđeliste i opisanih u Knjizi Otkrivenja (četiri anđela na četiri ugla zemlje da obuzdaju vjetrove i peti anđeo, možda Krist sebe, koji se uzdiže sa Istoka sa pečatom Boga živoga). Iznad lika petog anđela ponovo je Marija Regina, koja sedi na tronu, u rukama ima otvorenu knjigu sa prvim stihovima "Magnificata" kojom zahvaljuje Bogu za svoje čudesno majčinstvo. Njen položaj mogao bi aludirati na ulogu posrednika između Boga sudije i čovječanstva. Ispod stopala petog anđela nalaze se i tragovi male figure koja kleči, koju sačuvana slova natpisa omogućavaju da se poistoveti sa biskupom "episc[opus]", vjerovatnim naručiocem radova. Konačno, slika Hrista Pantokratora je centralna na mestu gde se krakovi ukrštaju.Ukrasna traka koja se proteže duž donjeg dijela zidova reproducira motive tkanina koje su korištene za vješanje na zidovima crkava; posebno je ispred ulaza prikazan apotropejski čvor koji je služio za odbijanje sila zla. Konačno, u apsidi su reproducirani pelikani koji su, u kršćanskoj simbolici, metafora Krista koji se žrtvuje na Posljednjoj večeri, jer da bi nahranili svoje mlade, razdiru im kožu prinosom vlastite krvi.