Fu fondata dai coloni Tarantini e Thurioti intorno al 434 a.C., dopo una guerra che le aveva viste nemiche. La città è situata su un'altura tra i fiumi Agri e Sinni sui resti della città di Siris, e nel 374 a.C. fu scelta come capitale della Lega Italiota al posto di Thurii che era caduta in mano ai Lucani. Successivamente verrà creato un agglomerato urbano sulla costa con il nome di Siris, che però con l'antica Siris ha solo continuità onomastica ma non topografica.
Nel 280 a.C. la città fu teatro della battaglia di Eraclea tra Taranto e Roma. Sempre intorno al 280 a.C. i Romani proposero alla città di Eraclea uno speciale trattato di alleanza, riuscendo a sottrarla all'influenza di Taranto e facendola diventare città confederata di Roma.
A questo periodo risalgono anche le tavole di Eraclea, attualmente conservate al Museo Archeologico Nazionale di Napoli, che sono tavole di bronzo con testi in greco riguardanti l'ordinamento pubblico e costituzionale della città. Sul retro di queste è trascritta, in latino, la lex Iulia Municipalis.
Alla fine della guerra tra Romani e Tarantini, Eraclea, come tutta la Lucania e la Puglia, cadde sotto il dominio romano. Nel 212 a.C. la città fu assediata e conquistata da Annibale. Successivamente diventò nuovamente una città fiorente, e i suoi abitanti furono descritti come Nobiles Homines da Cicerone nel Pro Archia, l'apologia del poeta Aulo Licinio Archia, cittadino di Eraclea.
Nell'89 a.C. fu data agli Eraclidi la cittadinanza romana con la lex Plautia Papiria. Durante tutta l'età repubblicana, Eraclea viene turbata da tumulti sociali, giunti al culmine nel 72 a.C. con il passaggio di Spartaco. La popolazione allora si rifugiò nella parte alta della città. Durante l'età imperiale cominciò invece la sua decadenza. Vi hanno risieduto il poeta Archia e il grande pittore Zeusi, forse originario della città.
Le rovine sono attualmente visitabili insieme al Museo Nazionale della Siritide di Policoro che custodisce la maggior parte dei reperti lì trovati. Dell'antica città nella parte bassa si possono notare il Tempio di Atena, di cui restano le fondamenta, e il Tempio di Demetra. Sull'acropoli invece i resti della città si sono meglio conservati ed è visibile l'impianto urbano costituito da assi viari ortogonali. A ovest è situato il quartiere dei ceramista con le case con fornaci annesse. A sud e a ovest sono situate le necropoli. Legano il loro nome ad Eraclea personaggi famosi dell'epoca:
Zeusi (V secolo a.C.), è stato un pittore greco antico. Pirro (318 a.C. – Argo, 272 a.C.), è stato re d'Epiro, prese parte alla battaglia di Eraclea. Publio Valerio Levino (III secolo a.C.), è stato un console romano, prese parte alla battaglia di Eraclea.
