Començat a principis del segle 13 com a reemplaçament d'una església Romànica anterior, la construcció va continuar durant la resta del segle en l'Estil Gòtic Escalda local (anomenat després del riu proper). Típic d'aquest estil és l'ús de pedra gris-blau de La Zona De Tournai, l'única gran torre sobre la cruïlla, i les esveltes torretes a les cantonades de l'edifici.
Construïda a L'antic centre comercial de Gant al costat del Mercat de Blat, L'Església De Sant Nicolau era popular entre els gremis els membres dels quals realitzaven els seus negocis a prop. Els gremis tenien les seves pròpies capelles que es van afegir als costats de l'església en els segles 14 i 15.
La torre central, que va ser finançada en part per la ciutat, va servir com a lloc d'observació i portava les campanes de La ciutat fins que es va construir el veí campanar de Gant. Aquestes dues torres, juntament amb La Catedral De Sant Bavó, encara defineixen el famós horitzó medieval del centre de la ciutat. Un dels tresors de l'església és el seu orgue, produït pel famós constructor Francès Aristide Cavaillé-Coll.
L'edifici es va anar deteriorant gradualment al llarg dels segles, fins a un grau que amenaçava la seva estabilitat. Les esquerdes es superposaven amb guix, les finestres es van tallar per reforçar les parets, i al segle 18, petites cases i botigues es van construir contra les façanes en ruïnes. L'interès en l'església com a monument històric va sorgir al voltant de 1840, i a finals del segle 20 van sorgir els principals plans de restauració. Les cases del costat de l'església van ser enderrocades i des de llavors s'han dut a terme moltes obres de renovació.
