La fundació de l'Estació Zoològica es remunta al març de 1872. Anton Dohrn, el fundador i primer director, va néixer a Stettin, a Pomerània, actualment part de Polònia, l'any 1840, en una família de classe mitjana. Dohrn va estudiar zoologia i medicina a diverses universitats alemanyes, però sense gaire entusiasme. Els seus ideals van canviar l'estiu de 1862 quan va arribar a Jena i allà va conèixer Ernst Haeckel que el va introduir en les obres i les teories de Charles Darwin. Dohrn es va convertir en un fervent defensor de la teoria de "descendencia amb modificació" de Darwin, la teoria de l'evolució per selecció natural. Aleshores va decidir dedicar la seva vida a reunir fets i idees en suport del darwinisme, i aquest es va convertir en el punt de partida d'una aventura de tota la vida. Durant la seva carrera universitària va passar períodes de recerca a la vora del mar: a Helgoland, a Hamburg, a Millport a Escòcia i a Messina. Aquí es va concretar el projecte de cobrir el món amb una xarxa d'estacions de recerca biològica, semblant a les estacions de ferrocarril, on els científics podien aturar-se, recollir material, realitzar observacions i experiments, abans de passar a la següent estació.Davant de moltes dificultats, Dohrn va començar a fantasejar amb la possibilitat que els biòlegs marins arribessin al mar i trobessin una taula de treball ja feta, amb un laboratori, serveis, productes químics, revistes i llibres i informació sobre on i quan es podien trobar determinades espècies. trobat, juntament amb informació útil sobre les condicions locals del mar, el fons marí i les costes. Dohrn, després d'intentar portar a terme el seu projecte a Messina, va decidir que Nàpols seria el lloc ideal per a la seva estació. L'elecció d'aquesta ciutat es va deure a la gran riquesa biològica del mar Mediterrani i també a la possibilitat de desenvolupar un institut de recerca de gran importància internacional en una ciutat pròpiament dita amb vocació internacional i de grans dimensions. Després d'una visita a l'aquari de Berlín, que acabava d'obrir, va pensar que un aquari públic podria guanyar prou per pagar un ajudant permanent de laboratori. Nàpols, amb els seus 500.000 habitants, era una de les ciutats europees més grans i atractives, amb una important afluència de turistes (30.000 l'any), potencials visitants de l'aquari.Ajuntant imaginació, força de voluntat, habilitat diplomàtica i una bona dosi de sort, gràcies al suport amable de científics, artistes i músics, Anton Dohrn va superar dubtes, desconeixements i malentesos i va aconseguir convèncer les autoritats municipals perquè li regalessin, gratuïtament, un tros de terra a la vora del mar, a la bonica Villa Comunale, després el Parc Reial. Per la seva banda, es va comprometre a construir l'Estació Zoològica pel seu compte. Dohrn sabia exactament què volia i com, i va preparar ell mateix els plans de construcció. Els fonaments es van posar el març de 1872 i el setembre de 1873 l'edifici estava acabat. Després del primer edifici, actualment la part central, es va afegir un segon edifici, connectat al primer per un pont, el 1885-1888, mentre que el pati i la part de ponent es van construir el 1905. Només cinquanta anys més tard, la biblioteca serà inserit entre el primer i el segon edifici.L'aquari públic, que té una superfície de 527 m2, va ser inaugurat el 26 de gener de 1874 i continua sent únic fins als nostres dies, ja que ha canviat molt poc des de la seva creació, és l'aquari més antic del segle XIX encara en funcionament i el exclusivament dedicat a la fauna i flora de la Mediterrània. Va ser construït sota la supervisió de William Alford Lloyd, un enginyer anglès que havia contribuït al disseny dels aquaris públics d'Hamburg i Londres.La inauguració oficial de l'Estació Zoològica va tenir lloc el 14 d'abril de 1875.Segons estudis recents sobre sociologia de l'organització, l'Estació Zoològica anticipava un model de planificació de la investigació científica postindustrial en plena era industrial, que afavoria temes típicament actuals com la interdisciplinarietat, la capacitat de gestió d'autofinançament (a través de l'aquari). i venda d'animals marins a altres instituts de recerca, etc.), el foment de la cooperació i col·laboració de totes les persones implicades en la recerca (col·laboradors, tècnics, pescadors i conserges). Fins a 19 premis Nobel han treballat activament als seus laboratoris, donant un impuls significatiu al desenvolupament de les ciències biològiques.