A fundación da Estación Zoolóxica remóntase a marzo de 1872. Anton Dohrn, o fundador e primeiro director, naceu en Stettin, en Pomerania, hoxe parte de Polonia, en 1840, no seo dunha familia de clase media. Dohrn estudou zooloxía e medicina en varias universidades alemás, pero sen moito entusiasmo. Os seus ideais cambiaron no verán de 1862 cando chegou a Jena e alí coñeceu a Ernst Haeckel, quen lle presentou as obras e teorías de Charles Darwin. Dohrn converteuse nun ferviente defensor da teoría de Darwin da "descendencia con modificación", a teoría da evolución por selección natural. Entón decidiu dedicar a súa vida a recoller feitos e ideas en apoio do darwinismo, e este converteuse no punto de partida dunha aventura vitalicia. Durante a súa carreira universitaria pasou períodos de investigación na beira do mar: en Helgoland, en Hamburgo, en Millport en Escocia e en Messina. Aquí tomou forma o proxecto de cubrir o globo terráqueo cunha rede de estacións de investigación biolóxica, semellante ás estacións de ferrocarril, onde os científicos podían parar, recoller material, realizar observacións e experimentos, antes de pasar á seguinte estación.Ante moitas dificultades, Dohrn comezou a fantasear coa posibilidade de que os biólogos mariños chegasen ao mar e atopasen unha mesa de traballo preparada, con laboratorio, servizos, produtos químicos, revistas e libros e información sobre onde e cando poderían estar determinadas especies. atopados, xunto con información útil sobre as condicións locais do mar, do fondo e das costas. Dohrn, despois de intentar levar a cabo o seu proxecto en Messina, decidiu que Nápoles sería o lugar ideal para a súa estación. A elección desta cidade debeuse á gran riqueza biolóxica do mar Mediterráneo e tamén á posibilidade de desenvolver un instituto de investigación de gran importancia internacional nunha propia cidade con vocación internacional e de grandes dimensións. Despois dunha visita ao acuario de Berlín, que acababa de abrir, pensou que un acuario público podería gañar o suficiente para pagar un asistente permanente de laboratorio. Nápoles, cos seus 500.000 habitantes, era unha das cidades europeas máis grandes e atractivas, cunha importante afluencia de turistas (30.000 anuais), potenciais visitantes do acuario.Xuntando imaxinación, forza de vontade, habilidade diplomática e unha boa dose de sorte, grazas ao apoio amigable de científicos, artistas e músicos, Anton Dohrn superou dúbidas, descoñecementos e malentendidos e conseguiu persuadir ás autoridades municipais para que lle entregasen, de forma gratuíta, un anaco de terra á beira do mar, na fermosa Vila Comunale, despois o Parque Real. Pola súa banda, comprometeuse a construír pola súa conta a Estación Zoolóxica. Dohrn sabía exactamente o que quería e como, e preparou el mesmo os planos de construción. As bases foron postas en marzo de 1872 e en setembro de 1873 o edificio estaba rematado. Despois do primeiro edificio, actualmente a parte central, engádese en 1885-1888 un segundo edificio, unido ao primeiro por unha ponte, mentres que o patio e a parte oeste foron construídos en 1905. Só cincuenta anos despois, a biblioteca inserido entre o primeiro e o segundo edificio.O acuario público, que ocupa unha superficie de 527 m2, foi inaugurado o 26 de xaneiro de 1874 e segue sendo único ata hoxe, xa que cambiou moi pouco desde a súa creación, é o acuario máis antigo do século XIX que aínda está en funcionamento e o só dedicada exclusivamente á fauna e flora do Mediterráneo. Foi construído baixo a supervisión de William Alford Lloyd, un enxeñeiro inglés que contribuíra ao deseño de acuarios públicos en Hamburgo e Londres.A inauguración oficial da Estación Zoolóxica tivo lugar o 14 de abril de 1875.Segundo estudos recentes sobre a socioloxía da organización, a Estación Zoolóxica anticipou un modelo de planificación da investigación científica postindustrial en plena era industrial, que favoreceu temas tipicamente actuais como a interdisciplinariedade, a capacidade directiva de autofinanciamento (a través do acuario). e venda de animais mariños a outros institutos de investigación, etc.), o fomento da cooperación e colaboración de todas as persoas implicadas na investigación (colaboradores, técnicos, pescadores e conserxes). Ata 19 premios Nobel traballaron activamente nos seus laboratorios, dando un importante impulso ao desenvolvemento das ciencias biolóxicas.