Kõpu fyr har varit i kontinuerlig användning sedan den först byggdes 1531. Tanken för fyren går tillbaka till före 1490 eftersom den viktigaste östvästliga sjöfartsleden i Östersjön passerade Hiiu sandbank, där tornet ligger. Hanseatiska köpmän hade i åratal bett om att sätta ett landmärke på halvön och de fick slutligen tillstånd 1499 från biskopen av Ösel-Wiek. Följande år gick biskopen med på att låta dem bygga en massiv stenpelare utan öppningar. Byggandet var dock avstannat de närmaste åren efter att ett krig bröt ut.
