Kõpu fyr har varit i kontinuerlig användning sedan den först byggdes 1531. Tanken för fyren går tillbaka till före 1490 eftersom den viktigaste östvästliga sjöfartsleden i Östersjön passerade Hiiu sandbank, där tornet ligger. Hanseatiska köpmän hade i åratal bett om att sätta ett landmärke på halvön och de fick slutligen tillstånd 1499 från biskopen av Ösel-Wiek. Följande år gick biskopen med på att låta dem bygga en massiv stenpelare utan öppningar. Byggandet var dock avstannat de närmaste åren efter att ett krig bröt ut.
Majoriteten av tornets konstruktion ägde rum från 1514-1519 och en eld tändes först på hösten 1531. Sedan dess har några delar av tornet rekonstruerats. Idag fungerar Kõpu fyr som en symbol för Hiiumaa och är en stor turistattraktion.
