La Chiesa si contraddistingue per le sue sette cupole dorate, ciascuna sormontata da un'alta croce russo ortodossa . Sopra l'ingresso, un mosaico circolare blu mostra Maria Maddalena, la prima testimone e annunciatrice della Risurrezione. Sebbene la facciata decorata della Chiesa sembri marmo, in realtà è costituita da pietra arenaria bianca scolpita. La Chiesa è stata costruita dallo Zar Alessandro III di Russia come monumento a sua madre, l'Imperatrice Maria Alexandrovna e fu consacrata nel 1888. Il Grande Principe Sergej Aleksandrovic e sua moglie la Granduchessa Elizabeth Fyodorovna arrivarono ??in Palestina per l'evento. Durante la cerimonia, la 24enne Elizabeth Fyodorovna fu così sopraffatta dalla bellezza della Chiesa, che esclamò profeticamente, "Oh, se potessi essere sepolta qui quando morirò!" Questo viaggio in Terra Santa ispirò Elizabeth a convertirsi all'Ortodossia e ad avviare la sua eterna relazione con la Chiesa. Nel 1921, dopo essere stata uccisa durante la rivoluzione del 1917, i resti di Elizabeth Fedorovna e Varvara Yakovleva, una suora che aveva seguito Fëdorovna in esilio, furono trasportati a Gerusalemme e riposti in sarcofagi sotto le arcate inferiori della Chiesa di Santa Maria Maddalena. Circa 50 anni più tardi, nel 1981, furono canonizzate come Sante Martiri e le loro reliquie spostate nella sezione principale della Chiesa, dove oggi riposano all'interno di tombe di marmo.
