Das Grab der Heiligen Klara wurde außerhalb des Stadttors in der Kirche San Giorgio entworfen und gewünscht, wo Franziskus bereits provisorisch begraben war und wo der Heilige am 12. August 1253 begraben wurde. Die Kirche San Giorgio befand sich direkt vor dem gleichnamigen Stadttor, etwas niedriger als die Straße, die beim Verlassen der Stadt "gegen Ispellum" führte; eine andere Straße führte nach San Rufino hinauf, und eine dritte, die an der römischen Mauer entlangführte, führte nach Porta Moiano hinunter. Daher wurde der Ort "Tribium S. Georgii" genannt. Zwischen der Straße und der Kirche befand sich vor nicht allzu langer Zeit ein an die Kirche angeschlossenes Krankenhaus; alles hing vom Domkapitel ab.
Während für die Mausoleumskirche, die zu Ehren des hl. Franziskus errichtet werden sollte, der Ort erst zwei Jahre nach seinem Tod festgelegt wurde, orientierte sich die der hl. Klara gewidmete Kirche unmittelbar an der gegenüberliegenden Seite der Stadt, neben der Kirche St. Georg (Marino Bigaroni, La Basilica di S. Chiara in Assisi, S.13). Drei Jahre nach ihrem Tod und ein Jahr nach der Heiligsprechung der hl. Klara begann 1257 der Bau der Basilika St. Klara um die alte Kirche St. Georg herum, in der bis 1230 die sterblichen Überreste des heiligen Franziskus aufbewahrt worden waren. Die sterblichen Überreste des Heiligen wurden bereits 1260 überführt, während die feierliche Weihe 1265 im Beisein von Clemens IV. stattfand. Die Bauarbeiten wurden von dem Architekten Filippo da Campello ausgeführt. Die Krypta, die heute das Grab des Heiligen beherbergt, wurde erst 1850 gebaut.
