Die Kirche Santa Maria di Rivotorto liegt nur wenige Kilometer von Santa Maria degli Angeli entfernt und wurde nach dem Erdbeben von 1854 im neugotischen Stil an der Stelle eines Vorgängerbaus errichtet, der zum Schutz des "Tugurio francescano" errichtet wurde, der heute im Inneren der Kirche aufbewahrt wird. Es handelt sich um die Ruinen eines Ortes, an dem der Heilige und seine Gefährten der Tradition zufolge Zuflucht fanden, um zu beten und zu meditieren. An der Fassade der Kirche befinden sich die Wappen der Basilika des Heiligen Franziskus (von denen das Heiligtum abhing) und über dem Hauptportal der Satz: "Hic primordia Fratrum Minorum" (Hier die Anfänge der Minderbrüder), der an die Tradition erinnert, nach der der Heilige Franziskus die Grundlagen der franziskanischen Regel verfasste.
Das Innere der Kirche besteht aus drei Schiffen, die durch polygonale Säulen getrennt sind. Hier befindet sich der bescheidene "tugurio di somma umilitate", an dem Ort, an dem er entdeckt wurde, der Ort, an dem der Heilige bei Bernardo da Quintavalle und Pietro di Catanio Zuflucht fand. Es besteht aus drei kleinen Räumen, von denen der zweite als Kapelle genutzt wird, mit einem Kommunionaltar aus dem fünfzehnten Jahrhundert auf einer achteckigen Cippus. In der Kirche befindet sich an der Gegenfassade ein Gemälde des Erzengels Michael von Domenico Mattei. An den Wänden befinden sich Gemälde von Cesare Sermei, die auf die franziskanische Geschichte anspielen.