Grobnice su prebačene iz unutrašnjosti nekadašnje crkve S. Francesco, sada monumentalne ruševine bez krova, u trijem i ponovno sastavljene 1659. Međutim, kako se danas čini, trijem je rezultat neogotičke rekonstrukcije, dovršene 1850. inženjer Filippo Bandini. Grobnica Paole Biance Malatesti, koja je bila prva supruga Pandolfa III., ukrašena je statuetama, policama, visećim lukovima i tordiranim stupovima koji krunišu sliku pokojnice, koja leži na poklopcu visoko razrađenog sarkofaga. Riječ je o autentičnom remek-djelu kasnogotičke skulpture uvezenom iz Venecije, maestra Filippa di Domenica. Skromnija je grobnica Bonetta da Castelfranca, koju je naručio Sigismondo Malatesti za pohranu ostataka svog vjernog liječnika. Na suprotnoj strani portala dominira renesansna grobnica Pandolfa III. Malatestija koju je želio njegov sin Sigismondo koji je po svoj prilici projektiranje povjerio Leonu Battisti Albertiju. Tijekom nedavnih restauracija kojima je podvrgnut cijeli monumentalni kompleks, neočekivano je pronađeno mumificirano tijelo Pandolfa III.
