Grobnice su iz unutrašnjosti nekadašnje crkve Sv. Frančeska, danas monumentalne ruševine bez krova, prebačene u portik i ponovo sastavljene 1659. Međutim, kako danas izgleda, trijem je rezultat neogotičke rekonstrukcije, završene 1850. godine od strane inženjera Filipa Bandinija. Grobnica Paole Bianca Malatesti, koja je bila prva žena Pandolfa III, ukrašena je statuetama, policama, visećim lukovima i tordiranim stupovima koji krunišu sliku pokojnice, koja leži na poklopcu visoko razrađenog sarkofaga. Riječ je o autentičnom remek-djelu kasnogotičke skulpture uvezene iz Venecije, autora maestra Filipa di Domenica. Skromnija je grobnica Bonetta da Castelfranca, koju je naručio Sigismondo Malatesti za smještaj posmrtnih ostataka njegovog vjernog doktora. Na suprotnoj strani portala dominira renesansna grobnica Pandolfa III Malatestija koju je tražio njegov sin Sigismondo, a koji je po svoj prilici povjerio dizajn Leonu Battisti Albertiju. Prilikom nedavnih restauracija kojima je podvrgnut cijeli monumentalni kompleks, neočekivano je pronađeno mumificirano tijelo Pandolfa III.
