Fue fundada por colonos de Tarento y Thurii en torno al año 434 a.C., tras una guerra que los había enemistado. La ciudad está situada en una elevación entre los ríos Agri y Sinni, sobre los restos de la ciudad de Siris, y en el 374 a.C. fue elegida como capital de la Liga Italiana en lugar de Thurii, que había caído en manos de los lucanos. Posteriormente se creó una aglomeración urbana en la costa con el nombre de Siris, que, sin embargo, con la antigua Siris sólo tiene continuidad onomástica pero no topográfica.
En el año 280 a.C., la ciudad fue el escenario de la batalla de Heraclea entre Tarento y Roma. También hacia el año 280 a.C., los romanos ofrecieron a la ciudad de Heraclea un tratado especial de alianza, consiguiendo sustraerla de la influencia de Tarento y convertirla en ciudad confederada de Roma.
De esta época son también las tablillas de Heraclea, actualmente en el Museo Arqueológico Nacional de Nápoles, que son tablillas de bronce con textos griegos relativos al orden público y constitucional de la ciudad. En el reverso de las mismas se transcribe, en latín, la lex Iulia Municipalis.
Al final de la guerra entre los romanos y los tarentinos, Heraclea, como toda Lucania y Apulia, cayó bajo el dominio romano. En el año 212 a.C., la ciudad fue asediada y conquistada por Aníbal. Más tarde volvió a ser una ciudad floreciente, y sus habitantes fueron descritos como Nobiles Homines por Cicerón en Pro Archia, la apología del poeta Aulus Licinius Archia, ciudadano de Heraclea.
En el año 89 a.C., los heráclidas obtuvieron la ciudadanía romana mediante la lex Plautia Papiria. A lo largo de la época republicana, Heraclea se vio afectada por la agitación social, que alcanzó su punto álgido en el año 72 a.C. con el paso de Espartaco. La población se refugió entonces en la parte alta de la ciudad. Sin embargo, durante la época imperial comenzó su declive. Allí residieron el poeta Archia y el gran pintor Zeusisis, posiblemente nativo de la ciudad.
En la actualidad, las ruinas pueden visitarse junto con el Museo Nacional de la Siritide en Policoro, que alberga la mayor parte de los artefactos encontrados allí. De la antigua ciudad, en la parte baja, se puede ver el Templo de Atenea, del que quedan los cimientos, y el Templo de Deméter. En la acrópolis, en cambio, se conservan mejor los restos de la ciudad y es visible el trazado urbano formado por ejes de calles ortogonales. Al oeste se encuentra el barrio de los alfareros con casas con hornos anexos. Al sur y al oeste se encuentran las necrópolis. Personalidades famosas de la época vincularon su nombre a Heraclea:
Zeusis (siglo V a.C.), pintor de la Grecia antigua. Pirro (318 a.C. - Argos, 272 a.C.), fue rey del Epiro, participó en la batalla de Heraclea. Publio Valerio Levino (siglo III a.C.), fue un cónsul romano que participó en la batalla de Heraclea.
