Hrobky byly z interiéru bývalého kostela svatého Františka, který je dnes monumentální zříceninou bez střechy, přeneseny do podvěží a tam v roce 1659 znovu sestaveny. V dnešní podobě je však portikus výsledkem novogotické přestavby, kterou v roce 1850 dokončil inženýr Filippo Bandini. Hrobka Paoly Biancy Malatestiové, první manželky Pandolfa III. je zdobena soškami, římsami, visutými oblouky a točitými sloupy korunujícími obraz zesnulé, ležící na víku propracovaného sarkofágu. Jedná se o autentické mistrovské dílo pozdně gotického sochařství benátského původu, jehož autorem je maestro Filippo di Domenico. Skromnější je hrobka Bonetta da Castelfranco, kterou nechal postavit Sigismondo Malatesti pro uložení ostatků svého věrného lékaře. Na protější straně portálu se nachází renesanční hrobka Pandolfa III Malatestiho, kterou nechal zhotovit jeho syn Sigismondo, jenž s největší pravděpodobností svěřil návrh Leonu Battistovi Albertimu. Při nedávných restaurátorských pracích na celém monumentálním komplexu bylo nečekaně nalezeno mumifikované tělo Pandolfa III.
