El convento de San Domenico Maggiore, que forma un conjunto de proporciones grandiosas con la iglesia, es el resultado de siglos de estratificación que comenzaron en 1227, cuando el Papa Gregorio IX envió a Nápoles un pequeño grupo de dominicos que se instalaron en el antiguo monasterio de San Michele Arcangelo en Morfisa. Tomás de Aquino permaneció en el monasterio entre 1272 y 1274 y enseñó teología en el Studium establecido allí por Carlos I de Anjou. En 1289, se iniciaron las obras de renovación del convento. La organización, que a lo largo de los siglos se fue ampliando hasta convertirse en una ínsula casi cuatro veces más grande que el entramado de la ciudad antigua, comparada por los visitantes a lo largo del tiempo con una auténtica ciudad dentro de la ciudad, alcanzó su máximo esplendor tras las obras promovidas a partir de 1669 por el prior Tommaso Ruffo de los duques de Bagnara. El prior Ruffo, que ha dedicado gran parte de su patrimonio personal a la obra, ha querido salvaguardar algunas estancias vinculadas a la historia centenaria del complejo, como la celda de Santo Tomás. El resultado de las obras que continuaron durante el siglo XVII fue un edificio de proporciones majestuosas, dividido en tres brazos: el dormitorio de Santo Tomás, el noviciado y el dormitorio de los Maestros, dispuestos alrededor de un espacio abierto destinado a jardín. Junto al dormitorio de Santo Tomás se encontraban el refectorio, la sala capitular y la biblioteca en el primer piso. Los arquitectos Bonaventura Presti, Francesco Antonio Picchiatti y Luigi Nauclerio se turnaron en esta empresa monumental. Hoy en día, el convento está desmembrado en varias zonas: una parte es utilizada por los dominicos, una zona a nivel del claustro está ocupada por el gimnasio Virtus, otra está ocupada en tres niveles por el instituto escolar Casanova y, por último, la parte más importante, que albergó las aulas del antiguo Tribunal de Cuentas hasta los años 90, es objeto de las actuales obras de restauración. La restauración de estos grandes espacios, que albergaban las celdas de seguridad así como las Salas de Justicia, con la consiguiente creación de entreplantas, falsos techos y elementos constructivos incongruentes, tenía por objeto reconstruir las características arquitectónicas y espaciales originales y restablecer las conexiones entre las salas y sus características tipológicas. Una parte importante de la intervención se ha referido a la "piel" decorativa de estos espacios monumentales, con la restauración de los ciclos pictóricos conservados, los estucos de finales del siglo XVII y la Celda de Santo Tomás, decorada íntegramente en la década de 1720, así como numerosas piezas de mobiliario, entre las que destaca la Máquina Litúrgica para las Cuarentenas, un complejo organismo que puede constituir uno de los puntos más atractivos de la futura organización museística de estos espacios.
El proyecto, que ha afectado a una amplia superficie de aproximadamente 7.000 metros cuadrados, incluidos 4.000 metros cuadrados del antiguo Tribunal de Cuentas, totalmente restaurado y refuncionalizado, y 3.000 metros cuadrados del ala del Instituto A Casanova, exclusivamente consolidados, ha implicado a un amplio grupo de trabajo de la Superintendencia del Patrimonio Arquitectónico de Nápoles y su provincia, con la aportación de la experiencia de cualificados consultores externos, durante un largo periodo de tiempo, jalonado por dos lotes de trabajo sucesivos a partir del año 2000. El primer lote, iniciado en 2000 y finalizado en 2002, formaba parte del programa Polis - Musea, promovido por la misma Superintendencia para la valorización de los edificios históricos napolitanos con la cofinanciación de la Comunidad Europea en el marco de los fondos FEDER del proyecto "Subvención Global Centro Antiguo de Nápoles".
El segundo lote, iniciado en mayo de 2006 y finalizado en julio de 2011, fue financiado gracias a la Ley nº 400, art. 1 "Intervenciones sobre el patrimonio cultural" de 20.12.2000, tras el Acuerdo de Programa Marco entre el Ministerio de Patrimonio y Actividades Culturales y la Región de Campania. El Convento fue reabierto al público en mayo de 2012 gracias al compromiso compartido de las instituciones locales y centrales.