La iglesia y el monasterio contiguo se mencionan desde el año 1016, cuando la capilla que había aquí fue transformada y dedicada al Arcángel Miguel por el monje benedictino Bono. El complejo pasó a los monjes camaldulenses entre 1105 y 1111, y permaneció allí hasta 1782, año de la supresión, tras lo cual la iglesia se convirtió en un Priorato. El edificio actual es el resultado de una larga serie de alteraciones, que comienzan en el siglo XIII y continúan con la transformación del campanario medieval en 1676, la reforma del barroco tardío a mediados del siglo XVIII y la reconstrucción tras el terremoto de 1846, hasta la reconstrucción de posguerra finalizada en 1963. La fachada con paramentos de mármol data del siglo XIV y se caracteriza por tres portales en la parte inferior: el central está rematado por un edículo gótico, que enmarca a la Virgen con el Niño, los ángeles y el abad oferente de Lupo di Francesco (originales en el Museo di S. Matteo), y una parte superior con tres filas de pequeñas logias. Las inscripciones de la parte inferior de la fachada hacen referencia a una elección del rector de la Universidad a principios del siglo XVII. Las tres naves interiores están sostenidas por columnas con capiteles románicos, mientras que el altar mayor está construido sobre la cripta del siglo XI-XII. Aquí se puede ver un crucifijo del siglo XIV atribuido a Nino Pisano; por lo demás, hay frescos y pinturas que datan del siglo XIII al XVIII. Dos excavaciones arqueológicas diferentes, una delante y otra detrás de la iglesia, han sacado a la luz, respectivamente, un camino de ladrillos del siglo XIII y las estructuras del monasterio de finales del siglo XIII, un pozo de la época moderna y diez silos de los siglos XVI y XVII utilizados para almacenar el grano.