Il museo, unico nel suo genere, è dedicato ai 6000 anni di storia del pane come base indispensabile della cultura e della civiltà umana. Deve la sua creazione e crescita all'impegno personale pluridecennale di Willy Eiselen (1896-1981) e di suo figlio Hermann Eiselen (nato nel 1926). Entrambi si occupavano della produzione e della vendita di ingredienti per la panificazione ed erano tra i principali fornitori del settore.
I due imprenditori fondarono il museo come Museo tedesco del pane nel 1955 come associazione. La prima mostra permanente risale al 1960. È stato il primo e per molti anni l'unico museo di questo tipo al mondo. Era un'istituzione strettamente privata finanziata dai fondatori. Nel 1991 il finanziamento del museo è stato assunto dalla Fondazione Eiselen, un'istituzione caritatevole indipendente; contemporaneamente il museo si è trasferito nel Salzstadel, un magazzino storico nel centro di Ulm.
Qui il museo fiorì e nel 2004 accolse il suo milionesimo visitatore.
