Biserica San Giovanni Battista este unul dintre cele mai frumoase și mai bine păstrate exemple ale stilului romanic Apulian prezent în Matera. Structura originală datează din anii imediat înainte de secolul al xii-lea și a fost finalizată în 1233, în această perioadă biserica a fost cunoscut sub numele de Santa Maria La Nova si a fost un loc de primire pentru Augustinian penitenți de Accon. Când călugărițele s-au mutat, în jurul sfârșitului secolului al XV-lea, biserica a fost abandonată și a rămas neutilizată până în anul 1695 în care Monseniorul Del Ryos și-a sancționat redeschiderea pentru a se închina, dându-i numele cu care îl cunoaștem astăzi. Este accesat prin ceea ce a fost inițial fațada laterală, cea principală a fost încorporată în 1610 în construcția clădirii adiacente care urma să îndeplinească funcția de nosocomio. Portalul decorat fin, o fereastră de trandafir împodobită cu ornamente rafinate și o statuie a Sfântului Ioan Botezătorul din piatră policromă ies în evidență. În partea dreaptă a portalului, fațada corespunzătoare absidei are o structură foarte apropiată de cea originală. Elementul care caracterizează cel mai mult această biserică este arhitectura internă tipic medievală, este posibil să o admirați datorită inițiativei Starețului Marcello Morelli care între 1920 și 1930 a decis să elimine coperta din secolul al XVIII-lea. Biserica are cruce latină și este formată din 3 Nave împărțite prin stâlpi patrulobați; pe ele se află semicoloane și capiteluri care au decorațiuni foarte elaborate și extrem de variate. Din stâlpi se dezvoltă arcade mari care formează bolți încrucișate.