Një qëndrim në kryeqytetin e Maltës nuk është i plotë pa vizituar Bashkë-Katedralen e Shën Gjonit në Maltë. Projekti u porosit në 1572 nga Mjeshtri i Madh Jean de la Cassiere për të shërbyer si kishë për Urdhrin e Kalorësve të Shën Gjonit dhe projektuar nga arkitekti maltez Gerolamo Cassar. Puna përfundoi në vitin 1577 dhe iu kushtua Shën Gjon Pagëzorit, një nga dy shenjtorët mbrojtës të Urdhrit. Bashkë-Katedralja e Shën Gjonit në Valetta tregon rëndësinë e krishterimit për vendin e Maltës. Nga jashtë, kjo katedrale e shekullit të 16-të mund të mos duket shumë, por hidhni një sy brenda dhe ju jeni para një surprize të vërtetë. Katedralja u rinovua në shekullin e 17-të dhe ka një dekor të pasur barok. Përveç artit dhe relikteve të saj të pasura barok, Katedralja Co mban gjithashtu afreske mbresëlënëse barok, dysheme mermeri të zbukuruara, statuja tredimensionale, mure guri të gdhendur dhe tavane harkuar që të lënë pa frymë, të dekoruara nga artisti i njohur italian i barokut, Mattia Preti. Bashkë-Katedralja është gjithashtu shtëpia e një prej veprave më të njohura ndërkombëtarisht nga Michelangelo Merisi da Caravaggio, e njohur si ‘Prerja e kokës së Shën Gjon Pagëzorit’ (1608). Piktura, e vendosur brenda Oratorisë, është vepra më e madhe e artit nga Caravaggio dhe e vetmja që mban firmën e tij. Çdo ditë të vitit, vizitorët shkojnë në katedrale për të parë veprat e famshme të artit dhe shumë do të kthehen në katedrale sa herë që janë në ishull. Vetë Katedralja përbëhet nga nëntë kisha të dekoruara në mënyrë elokuente në të dyja anët; tetë u ndërtuan për secilën nga gjuhët e Kalorësve të Shën Gjonit dhe e nënta i kushtohet shenjtores së tyre mbrojtëse, Zojës së Filermos, shenjt tjetër mbrojtës i Urdhrit. Kapela e fundit është gjithashtu shtëpia e një ikone të lashtë të zonjës së Filermos, të cilën Kalorësit e konsideronin si një objekt të shenjtë. Bashkë-Katedralja e Shën Gjonit në Maltë mban gjithashtu një kriptë misterioze që përmban varret e Mjeshtrave të Mëdhenj të Kalorësve të Shën Gjonit.
