Im Jahr 1335 errichtete Bartolomeo di Giacomo die ersten drei Stockwerke des Glockenturms, der 1498 von Antonio da Lodi vollendet wurde, der den Glockenturm und die Bekrönung des Turms in Form eines achteckigen Tempels baute. Zwischen dem Ende des 16. und dem Beginn des 17. Jahrhunderts restaurierte Erzbischof Matteo Saminiato die Kirche und ließ 1599 das Taufbecken aus Veroneser Porphyr anfertigen. Im Jahr 1703 stürzte die Spitze des Glockenturms bei einem verheerenden Erdbeben ein. Zwischen 1764 und 1770 baute Erzbischof Francesco Brancia die Kirche vollständig um und gab ihr ihr heutiges Aussehen. Die Dekoration des Gewölbes stammt aus der Mitte des 19. Jahrhunderts von dem lokalen Künstler Del Zoppo.
Im 20. Jahrhundert gestaltete der Architekt Guido Cirilli den gesamten religiösen Komplex im Stil der Zeit um. In der ersten Phase des Eingriffs in den 1910er Jahren ging es vor allem um die Isolierung des Glockenturms und seine Konsolidierung. Anschließend schuf er eine Verkleidung für das Gebäude, indem er es mit einer Mauer umschloss, die keine Teile der vorherigen Konstruktion sichtbar ließ. Er verband den Hauptteil der Kathedrale mit dem Glockenturm, indem er ein Giebelportal entwarf, über dem sich die Front der Fassade erhebt. Er integrierte den Glockenturm in die Rekonstruktion der Turmspitze. Zwischen 1970 und 1976 wurden am gesamten Gebäude Restaurierungs- und Konsolidierungsarbeiten durchgeführt, bei denen die frühmittelalterliche Struktur der Krypta freigelegt und die barocke Dekoration zerstört wurde, dank der Intervention des damaligen Superintendenten Mario Moretti.
Im Presbyterium und im Sekretariat befinden sich schöne Gemälde von Saverio Persico, einem brillanten Nachfolger des neapolitanischen Malers Francesco Solimena aus dem 18. Das Hauptaltarbild im Presbyterium stellt die Ungläubigkeit des Heiligen Thomas dar, während die Gemälde im Sekretariat "Die Fußwaschung" und "Das letzte Abendmahl" sind. Ein Persico-Gemälde befindet sich auch in der Kapelle der Unbefleckten Empfängnis, die von Erzbischof Nicola Sanchez de Luna in Auftrag gegeben wurde (der Altar auf der linken Seite des Querschiffs). Interessant ist auch die Anwesenheit eines anderen Schülers von Solimena: Ludovico de Majo, dessen Gemälde sich in der Kapelle des Heiligen Gaetano befindet (der Altar auf der rechten Seite des Querschiffs). Bemerkenswert ist der wertvolle Holzchor, der 1769 von Ferdinado Mosca, dem größten Schnitzer der Abruzzen, angefertigt wurde.
Die Krypta der Kathedrale von San Giustino hat einen unregelmäßigen Grundriss, der in sechs kleine Schiffe mit je zwei Jochen unterteilt ist. Heute scheint es vollständig aus Ziegeln zu bestehen, lediglich die Säulenkapitelle und die gebündelten Pilaster weisen Steinelemente auf. In der Krypta befinden sich Fragmente von Fresken aus dem 14. und 15. Jahrhundert und eine Arche aus Marmor mit den Reliquien des Heiligen Justinus, des Schutzpatrons von Chieti und ersten Bischofs der Stadt, die 1432 von Bischof Marino del Tocco geschaffen wurde.
Das heutige Bild der Krypta ist das Ergebnis der zwischen 1970 und 1976 durchgeführten Restaurierungsarbeiten, bei denen die frühmittelalterliche Struktur durch die Zerstörung der barocken Dekoration dank der Intervention des damaligen Superintendenten Mario Moretti wieder ans Licht gebracht wurde. Moretti ließ die gesamte barocke Stuckdekoration entfernen, um die ursprüngliche mittelalterliche Gestaltung des Gebäudes wiederherzustellen.
Neben der Krypta befindet sich die Kapelle der Erzbruderschaft vom Heiligen Berg der Toten, ein bemerkenswertes Beispiel des Barocks mit grandiosen vergoldeten Stuckarbeiten, die von dem lombardischen Stuckateur Giovan Battista Giani, einem Meister der hohen Kunstfertigkeit und von großer Bedeutung für diese Art der Dekoration in unserer Region, kunstvoll ausgeführt wurden. Die gesamte Dekoration der Kapelle ist symbolträchtig und unterstreicht das Diktat der Arbeit der Erzbruderschaft. Das kostbare Altarbild ist ein Werk von Paolo De Mattheis, einem Künstler der neapolitanischen Schule von Solimena, und stellt eine Sancta Maria succurre miseris dar, die mit üppigen Faltenwürfen und kostbaren Pastellfarben wiedergegeben ist. Man beachte das segnende Kind, das auf einem Kissen auf den Beinen der Jungfrau steht, die ihren Blick und damit ihren Segen dem Betrachter zuwendet, während die Madonna sich den Seelen unter ihr zuwendet. Die Kapelle gehört noch heute der Erzbruderschaft vom Heiligen Berg der Toten von Chieti, einer bedeutenden und sehr alten Kongregation, die die Riten der Karfreitagsprozession pflegt und bewahrt.