Die Oberkirche
Im Jahrhundert der Pest, genauer gesagt im Jahr 1605, gründete eine Gruppe von Adligen eine Opera Pia, eine Laienkongregation, deren Hauptzweck darin bestand, sich um die Seelen im Fegefeuer zu kümmern. So wurde die Kirche nach einem Entwurf von Giovan Cola di Franco von Anfang an auf zwei Ebenen gebaut: die obere Kirche, ein wahres Meisterwerk des neapolitanischen Barocks, und die untere Kirche oder das Hypogäum, in dem noch heute der Seelenkult der Pezzentelle stattfindet.
Die obere Kirche ist klein und reich mit polychromem Marmor und Gemälden verziert. Die kostbare Dekoration des Presbyteriums aus Marmor Commessi ist das Werk von Dioniso Lazzari. Auf dem Hauptaltar befindet sich ein Gemälde von Massimo Stanzione, das die "Madonna mit den Seelen im Fegefeuer" darstellt, und darüber die "Heilige Anna, die dem Ewigen Vater das Jungfrauenkind darbringt" von Giacomo Farelli. Erstaunlich ist jedoch die Dekoration an der Rückwand hinter dem Altar, die einen geflügelten Totenkopf zeigt, ein Meisterwerk von Lazzari, das heute für die Besucher des Kirchenschiffs nicht mehr sichtbar ist, weil der im 18. Jahrhundert errichtete Altar es verdeckt.
Das Hypogäum
Unterhalb der Hauptkirche befindet sich jedoch eine weitere Kirche, die die obere widerspiegelt. Dies ist das Hypogäum, das in völligem Gegensatz zu seinem Zwilling steht, denn es ist kahl, dunkel und schmucklos. Es sollte den Abstieg ins Fegefeuer und damit den Übergang in die göttliche Herrlichkeit darstellen. Dies ist der Ort, an dem die Gläubigen eine besondere Beziehung zu den sterblichen Überresten aufbauten und einen Kult schufen, der an das Heidnische und den Aberglauben grenzte.
Der Kult
Der Kult der pezzentelle-Seelen (von petere, lateinisch für "bitten") war sehr stark. Sie bestand darin, einen Schädel zu adoptieren oder von einem der vielen Toten, die hier begraben waren, einen Schädel zu nehmen, ihn zu reinigen, ihn auf einen kleinen Altar zu legen und für ihn zu beten, um ihm den Übergang vom Fegefeuer zur Erlösung zu erleichtern. Es lag an den Lebenden, den Aufstieg zu erleichtern und durch Gebete, Messen und Opfergaben für Erfrischung aus den Flammen des Jenseits zu sorgen.
Wenn die Seele gerettet war, half sie denjenigen, deren Gebete sie gerettet hatten, indem sie ihre Bitten erfüllte. Es handelte sich um kleine Anliegen wie Probleme des täglichen Lebens, für die wichtigen Dinge gab es die Heiligen. In jedem Fall wurde eine enge und unauflösliche Beziehung zwischen der Seele und denjenigen geschaffen, die auf der Erde leiden müssen. Die Lebenden hüteten den Schädel als heiligen Talisman, bauten Altäre, die wie kleine Häuschen aus Pappe oder Holz aussahen, und schmückten sie mit Heiligenbildern, Rosenkränzen, sogar mit Schmuck oder wertvollen Artefakten und Alltagsgegenständen. Oft wurden diese kleinen Häuser mit Küchenkacheln gebaut, damit sich die Verstorbenen wie zu Hause fühlen.
Ende des Kults
Dieser inoffizielle und daher nie anerkannte Kult wurde von der Kirche gebilligt, da er das Sammeln von Opfergaben und Spenden ermöglichte, aber 1969 wurde er schließlich verboten, da er als heidnisch galt. Eine solch tiefgreifende Vermischung von Leben und Tod war vielleicht im 17. Jahrhundert denkbar, als sie tatsächlich normal war, aber nicht in der heutigen Zeit. Trotzdem führte die Schließung des Hypogäums zu regelrechten Panikszenen, da die Menschen sich den Weg nach drinnen bahnten und der Kult weiterging. Erst das Erdbeben von 1980 beendete diese Praxis und machte das Hypogäum für lange Zeit unbewohnbar. Auch die Verehrung ging allmählich verloren, und es kam zu zahlreichen Diebstählen, da die Gräber mit Gold und Schmuck gefüllt waren. Die Kirche und das Hypogäum wurden erst 1992 von der Oberaufsichtsbehörde für das künstlerische und historische Erbe Neapels wiedereröffnet und sind auch heute noch zu besichtigen. Neben der Kirche und dem Hypogäum kann auch das kleine Museum der Oper besichtigt werden, in dem kirchliche Gegenstände aus verschiedenen Epochen ausgestellt sind.