Den øvre kirkeI pestens århundrede, nærmere bestemt i 1605, grundlagde en gruppe adelsmænd en Opera Pia, en lægmandsforsamling, hvis hovedformål var at tage sig af de sjæle, der lå i skærsilden. Således blev kirken efter et udkast af Giovan Cola di Franco fra starten bygget på to niveauer: den øverste kirke, et sandt mesterværk i neapolitansk barokkunst, og den nederste kirke eller hypogæum, hvor man stadig dyrker de pæzzentelle-sjæle.Den øverste kirke er lille og overdådigt dekoreret med polykromt marmor og malerier.Den kostbare udsmykning af presbyteriet i marmor commessi er et værk af Dioniso Lazzari. På højalteret er der et maleri af Massimo Stanzione, der forestiller "Madonnaen med sjælene i skærsilden" og over det "Sankt Anne, der tilbyder Jomfrubarnet til den evige Fader" af Giacomo Farelli. Forbløffende er dog udsmykningen på bagvæggen bag alteret, hvor der er et bevinget kranie, et mesterværk af Lazzari, som i dag ikke er synligt for dem, der sidder i kirkeskibet, fordi alteret, der blev bygget i det 18. århundrede, har dækket det.HypogeumMen under hovedkirken er der en anden, der spejler den ovenstående. Det er Hypogeum, som står i total modsætning til sin tvilling, fordi det er nøgent, mørkt og uden udsmykning. Det blev udtænkt for at repræsentere en stemningsfuld nedstigning i skærsilden og dermed et sted for passage før den guddommelige herlighed. Det er det sted, hvor de troende dannede et særligt forhold til de dødelige rester, hvilket skabte en kult, der grænsede til det hedenske og overtroiske.KultenKulten af de pezzentelle-sjæle (af petere, latin for "at spørge") var meget stærk. Den bestod i at adoptere et kranium eller tage et kranium fra en af de mange døde, der var begravet her, rense det, placere det på et lille alter og bede for det for at lette dets overgang fra skærsilden til frelse. Det var op til de levende at lette opstigningen og sørge for forfriskning fra efterlivets flammer gennem bønner, messer og offergaver.Når sjælen blev frelst, ville den hjælpe dem, hvis bønner havde frelst den, ved at opfylde deres ønsker. Det var små anmodninger som f.eks. problemer i forbindelse med hverdagen, for de vigtige ting var der de hellige. Under alle omstændigheder blev der skabt et tæt og uopløseligt forhold mellem sjælen og dem, der blev efterladt til at lide på jorden. De levende tog sig af kraniet som en hellig talisman, byggede altre, der var små rigtige huse af pap eller træ, og dekorerede dem med hellige kort, rosenkranse og endda smykker eller kostbare genstande og dagligdags genstande. Ofte blev disse små huse bygget med køkkenfliser, netop for at få den afdøde til at føle sig hjemme.Slut på kultenDenne kult, som ikke var officiel og derfor aldrig blev anerkendt, blev godkendt af kirken, fordi den gjorde det muligt at indsamle ofre og donationer, men i 1969 blev den endelig forbudt, fordi den blev betragtet som hedensk. En så dybtgående sammenblanding af liv og død kunne måske være tænkelig i det 17. århundrede, hvor det faktisk var normalt, men ikke i moderne tider. På trods af dette forårsagede lukningen af hypogeummet reelle panikscener med folk, der tvang sig ind, og faktisk fortsatte kulten. Kun jordskælvet i 1980 satte en stopper for denne praksis, hvilket gjorde hypogeummet ubeboeligt i lang tid. Tilbedelsen gik også gradvist tabt, og der skete talrige tyverier, fordi gravene var fulde af guld og smykker.Kirken og hypogeummet blev først genåbnet i 1992 af Superintendance for kunstnerisk og historisk arv i Napoli og er stadig åbent for offentligheden i dag. Ud over kirken og hypogeummet kan man også besøge det lille museum i Operaen, som rummer kirkelige genstande fra forskellige perioder.