Struktura bazyliki, którą możemy dziś podziwiać, odzwierciedla podstawową architekturę, która namalowała geniusze Giulio Romano i która jest kompilacją najważniejszych wydarzeń z historii i cywilizacji polirońskich. W latach 1540-1545 przebudował stare romańskie i gotyckie struktury, nie niszcząc ich, przyjmując oryginalne rozwiązania dla współistnienia różnych stylów architektonicznych, tworząc wyrafinowane i jednolite wnętrze.
Romańskie są w rzeczywistości ambulatorium i kolumnami otoczonymi murem, ale nadal widoczne w prezbiterium, natomiast Gotyckie są Tyburskie i sklepienia.
Antonio Begarelli, artysta z Modeny, którego Vasari nazywa "terakotowym Michelangelo", stworzył w 1542 i 1559 r. 32 posągi świętych, które zdobią nawy i zdobią wejścia do bocznych kaplic.
Cudowna zakrystia jest wyposażona w rzeźbione szafki wykonane w latach 1561-1563 przez Giovanniego Maria Piantavigna.
W pomieszczeniu znajdującym się między transeptem a zakrystią znajduje się grób Matyldy Kanoskiej, sarkofag z alabastru wsparty na czterech Leoncini z czerwonego marmuru. Ciało Matyldy nie znajdowało się już w jej grobowcu od 1633 roku, kiedy została przeniesiona do Bazyliki św. Piotra w Rzymie.
Wewnątrz Bazyliki znajduje się Kaplica Santa Maria de Cluny z przełomu XI wieku i drugiej połowy XII wieku, pochodząca stąd z okresu przed śmiercią hrabiny Matyldy, by później zostać zaadaptowana na kościół w momencie jego odbudowy (1130), według schematu Oratorium Santa Maria de Cluny. Uważa się, że pierwotnie pochowano tutaj hrabinę Matyldę w urnie grobowej przed ołtarzem, zgodnie z dużą mozaiką z czterema cnotami kardynalnymi. Turyści po drodze mogą podziwiać piękno trzech klasztorów, klasztorów świeckich, klasztorów św. Symeona i klasztorów św. Benedykta: Klasztor świeckich ludzi, z których można zauważyć co najmniej trzy fazy złożone (Faza poprzedzająca XV wiek, z których jedna pochodzi z 1475 r., a druga z 1674 r.), miał pomieścić pielgrzymów i biednych na parterze (strona wschodnia i Południowa), a górne piętro poświęcone było gościom z raportu. Z klasztoru świeckich, przechodząc przez malownicze Schody Barberin, dojdziesz do Muzeum Miejskiego Polironiano. Dalej na tyłach Bazyliki, znajduje się Klasztor św Symeona, gdzie górne piętro zostało zajęte od czasu do czasu z ambulatorium Starego na wschód, z biblioteki i z domu opata na południe, z komórek-schronisko mnichów na zachód i na północ. Na parterze znajdowały się celi dla przechodzących mnichów, Piwnica, Pracownia Krawiecka i Pracownia obuwnicza. Klasztor w stylu późnego gotyku uzyskał obecny wygląd w latach 1458-1480. Również z tego okresu można zaliczyć freski w lunetach z opowieściami św. Symeona, wykonane przez artystów, być może szkoły flamandzkiej. Z tego wspaniałego klasztoru można bezpośrednio dostać się do Sali Kapituły, jednego z najstarszych i najważniejszych miejsc klasztoru, ponieważ jest on centrum zarządzającym cenobium; wewnątrz można podziwiać pozostałości grobowców Opatów z 1500 roku. Po wyjściu z sali można podziwiać duży klasztor poświęcony św. Benedyktowi. Przebudowany około 1450 roku w ramach przebudowy architektonicznego Polirone wspieranego przez commendatory Guido Gonzaga, został zmieniony od strony południowej w wyniku prac remontowych kościoła klasztornego wykonanego z Giulio Romano.
