Kościół San Matteo, który Doria zbudował jako własną kaplicę, wychodzi na mały plac San Matteo w Genui.Wraz z XVI-wiecznym remontem wnętrze, trzy nawy, niemal całkowicie utraciło pierwotny gotycki charakter, z czego pozostają tylko cztery łuki ogumienia u podstawy kopuły wsparte na dwóch kolumnach do prezbiterium i dwóch kolumnach do nawy. NAWA Środkowa jest oddzielona od bocznych kolumn. Kantoria, ołtarz z trofeami, Dwie ambony i urny prezbiterium są przypisywane Silvio Cosini i Giovanni Angelo Montorsoli. Wszystkie obecne dekoracje pochodzą z XVI-wiecznej rekonstrukcji. W sklepieniu nawy centralnej znajduje się cud etiopskiego Smoka Łukasza Cambiaso oraz wezwanie św. Mateusza Jana Chrzciciela Castello. W ołtarzu po prawej stronie majora znajduje się obraz Świętej Rodziny ze św. Anna Bernardo Castello z XVI wieku; w lewym, Chrystus wśród świętych i darczyńców Andrea Semino. Na ścianach łuku ołtarzowego znajdują się Arki z marmuru świętych Pelagii i Maximus, patronów w mieście Novigrad na półwyspie Istria, którego relikwie zostały przetransportowane do Genui przez Aynar Spinola w 1381 roku. Pod ołtarzem głównym przechowywany jest miecz należący do "ojca Ojczyzny" Andrei Doria, podarowany mu zgodnie z tradycją przez pontyfikatu Pawła III. W niszy przejścia po lewej stronie znajduje się Świadectwo Jezusa w grobie, drewniane rzeźby polichromowane Anton Maria Maragliano, podczas gdy posągi w niszach apsydy (Szkoda, inspiracja michał anioł, Dawid, Jeremiasz, Jana Chrzciciela i Świętego apostoła Andrzeja) praca Montorsoli, w której należy również krypta pod chórem, z pozłacanego sztukaterie, do których dostęp odbywa się po schodach w wyłożona kafelkami, w którym znajduje się grób Andrea Doria, też jego dzieło tego samego artysty.
