Kláštor San Domenico Maggiore, ktorý spolu s kostolom tvorí komplex veľkolepých rozmerov, je výsledkom stáročnej stratifikácie, ktorá sa začala v roku 1227, keď pápež Gregor IX. poslal do Neapola malú skupinu dominikánov, ktorí sa usadili v starobylom kláštore San Michele Arcangelo v Morfise. V rokoch 1272 až 1274 sa v kláštore zdržiaval Tomáš Akvinský, ktorý tu vyučoval teológiu na štúdiu, ktoré založil Karol I. z Anjou. V roku 1289 sa začali rekonštrukčné práce na kláštore. Organizácia, ktorá sa v priebehu storočí postupne rozrástla na insula takmer štyrikrát väčší ako starobylá mestská sieť, ktorú návštevníci časom prirovnávali k skutočnému mestu v meste, dosiahla svoj vrchol po prácach, ktoré od roku 1669 presadzoval prior Tommaso Ruffo z rodu vojvodov z Bagnary.Prior Ruffo, ktorý na tieto práce vynaložil veľkú časť svojho osobného dedičstva, chcel ochrániť niektoré miestnosti spojené so stáročnou históriou komplexu, ako napríklad celu svätého Tomáša. Výsledkom prác, ktoré pokračovali počas celého 17. storočia, bola budova majestátnych rozmerov, rozdelená na tri ramená: ubytovňu svätého Tomáša, noviciát a ubytovňu majstrov, usporiadané okolo otvoreného priestoru určeného ako záhrada. K Tomášovmu dormitóriu priliehal refektár, kapitulný dom a knižnica na prvom poschodí. Na tomto monumentálnom diele sa striedali architekti Bonaventura Presti, Francesco Antonio Picchiatti a Luigi Nauclerio. Dnes je kláštor rozčlenený na niekoľko častí: jednu časť využívajú dominikáni, priestor na úrovni kláštora zaberá gymnázium Virtus, ďalšiu časť na troch úrovniach zaberá školský inštitút Casanova a napokon najdôležitejšia časť, v ktorej sa až do 90. rokov 20. storočia nachádzali učebne bývalého prísediaceho súdu, je predmetom súčasných reštaurátorských prác.Cieľom obnovy týchto rozsiahlych priestorov, v ktorých sa nachádzali bezpečnostné cely, ako aj súdne siene, s následným vytvorením medziposchodí, podhľadov a nesúrodých stavebných prvkov, bolo zrekonštruovať pôvodné architektonické a priestorové charakteristiky a obnoviť väzby medzi miestnosťami a ich typologické vlastnosti. Významná časť zásahu sa týkala dekoratívneho "plášťa" týchto monumentálnych priestorov, pričom sa reštaurovali zachované obrazové cykly, štuky z konca 17. storočia a cella svätého Tomáša, kompletne vyzdobená v 20. rokoch 17. storočia, ako aj početné kusy nábytku vrátane liturgického stroja pre karantény, zložitého organizmu, ktorý môže predstavovať jeden z najatraktívnejších bodov budúcej muzeálnej organizácie týchto priestorov. Na projekte, ktorý zahŕňal rozsiahlu plochu s rozlohou približne 7 000 štvorcových metrov, vrátane 4 000 štvorcových metrov bývalého prísediaceho súdu, plne zreštaurovaného a znovu sfunkčneného, a 3 000 štvorcových metrov krídla Inštitútu A Casanova, výlučne konsolidovaného, sa podieľala veľká pracovná skupina zo superintendencie architektonického dedičstva Neapola a jeho provincie, s prispením skúseností kvalifikovaných externých konzultantov, počas dlhého obdobia, prerušeného dvoma po sebe nasledujúcimi pracovnými partiami, ktoré sa začali v roku 2000.Prvá časť, ktorá sa začala v roku 2000 a skončila v roku 2002, bola súčasťou programu Polis - Musea, podporovaného tou istou superintendanciou na zhodnotenie historických neapolských budov so spolufinancovaním Európskeho spoločenstva z prostriedkov EFRR v rámci projektu "Globálny grant Antické centrum Neapola". Druhá časť, ktorá sa začala v máji 2006 a bola ukončená v júli 2011, bola financovaná vďaka zákonu č. 400, čl. 1 "Zásahy do kultúrneho dedičstva" z 20. 12. 2000 v nadväznosti na rámcovú dohodu o programe medzi Ministerstvom kultúrneho dedičstva a činností a regiónom Kampánia.Konvent bol znovu otvorený pre verejnosť v máji 2012 vďaka spoločnému záväzku miestnych a centrálnych inštitúcií.
