Kryptu San Magno postavil biskup Pietro da Salerno současně s katedrálou v letech 1072 až 1104. Mělo sloužit jako pokladnice pro zachování všeho, co má katedrála nejposvátnější: památky svatých. Místnost má tři uličky s ohledem na ty z horního kostela a tři apsidy. Dvanáct sloupců identifikovat Dvacet Jedna Krát, že se jejich stěny jsou zdobené obrazové cyklu výjimečné krásy, který vypráví příběh o Spasení člověka, od jeho stvoření až do konce času. Fresky jsou připisovány třem dílnám anonymních umělců známých jako první mistr Anagni nebo mistr překladů, druhý mistr Anagni nebo mistr Ornatik a třetí mistr Anagni. Ze stylistických a historických důvodů jsou fresky krypty umístěny mezi koncem XII. století a první polovinou XIII.
