Kryptu San Magno postavil biskup Pietro da Salerno v rovnakom čase ako katedrála v rokoch 1072 až 1104. Bolo to slúžiť ako pokladnica na zachovanie všetkého, čo má katedrála najposvätnejšie: relikvie svätých. Izba má tri uličky s ohľadom na horný kostol a tri apsidy. Dvanásť stĺpcov identifikuje dvadsaťjeden krát, že so svojimi príslušnými stenami sú zdobené obrazovým cyklom výnimočnej krásy, ktorý rozpráva príbeh spásy človeka, od jeho stvorenia až do konca času. Fresky sa pripisujú trom workshopom anonymných umelcov známych ako prvý majster Anagni alebo majster prekladov, druhý majster Anagni alebo majster Ornatist a tretí majster Anagni. Zo štylistických a historických dôvodov sú fresky krypty umiestnené medzi koncom XII.
