Kryptan i San Magno byggdes av biskop Pietro da Salerno samtidigt som katedralen mellan 1072 och 1104. Det var att tjäna som en skattkista för bevarandet av allt som en katedral har den heligaste: de heligas reliker. Rummet har tre gångar med avseende på de i övre kyrkan och tre apser. De tolv kolumnerna identifierar tjugoen gånger som, med sina respektive väggar, är dekorerade av en bildcykel av exceptionell skönhet som berättar historien om människans frälsning, från hans skapelse till slutet av tiden. Freskerna är hänförliga till tre workshops av anonyma konstnärer som kallas första Master of Anagni eller Master of translations, andra Master of Anagni eller Master Ornatist och tredje Master of Anagni. Av stilistiska och historiska skäl placeras Cryptens fresker mellan slutet av XII-talet och första hälften av XIII-talet.
