Kyrkan San Matteo, som Doria hade byggt som sitt eget ädla kapell, har utsikt över den lilla Piazza San Matteo i Genua.Med renoveringen av 1500-talet har interiören, med tre navar, nästan helt förlorat sin ursprungliga gotiska karaktär, varav endast de fyra ogivalbågarna vid kupolen förblir, stödda av två pelare mot presbyteri och två kolumner mot Naves. Den centrala naven separeras från de laterala genom kolumner. Kören, altaret med troféer, de två pulpiterna och urnorna i presbyteriet tillskrivs Silvio Cosini och Giovanni Angelo Montorsoli. Alla dekorationer som finns är hänförliga till renoveringen av 1500-talet. I navevalvet är miraklet av den etiopiska draken av Luca Cambiaso och kallelsen av San Matteo av Giovanni Battista Castello. På altaret till höger om majoren placeras en målning av den heliga familjen med St. Anne av Bernardo Castello, från det sextonde århundradet; till vänster, Kristus bland de heliga och donatorer av Andrea Semino. På presbyteriets väggar finns Marmorbågarna av Saints Pelagius och Maximus, beskyddare av Novigrad, i Istrien, vars reliker skulle ha transporterats till Genua av Gaspare Spinola år 1381. Under det höga altaret bevaras ett svärd som tillhör "Faderns Fader" Andrea Doria, som ges till honom enligt traditionen av påven Paulus III. I en nisch i långhuset är ett Nedfall av Jesus i graven, polykrom träskulptur av Anton Maria Maragliano, medan statyer i nischer av absiden (Barmhärtighet, inspirerad av michelangelo, David, Jeremia, Johannes Döparen, och St. Andrew') är verk av Montorsoli, som också i kryptan under kören, med tiden i den förgyllda stuckaturer, som nås genom en marmor trappa, som rymmer grav Andrea Doria, också verk av samma konstnär.