L'antiga ciutat de Gnathia, citat pels autors clàssics per a la seva privilegiada posició geogràfica, era un port comercial lligam estratègic entre l'Est i l'Oest.El primer assentament va ser construït en el segle XVI.C. i va tenir la continuïtat de la vida fins a l'edat del Ferro, quan tot el territori de la Puglia va ser habitat per la Iapigi. Al voltant de finals del segle vi. B. C., Egnazia era conegut com un poblat de Messapia, corresponent a l'actual província de Bríndisi i Lecce. Des del segle iii. AC, amb la presència Romana en el territori, la ciutat es va transformar en el primer segle. a. C. adquirit el patronat municipal de l'estat, assumint una gran importància gràcies a la presència del port i de la Via Traiana. Des de el segle vi. A. D. la part baixa de la ciutat va ser progressivament abandonat i l'apropiació continuat de l'Acròpoli, fins el segle xiii.Des de la messapic fase de Egnazia sent les poderoses muralles i necropolises, amb pou, semi-cambra de tombes monumentals i cambra tombes. De la ciutat Romana es poden observar les restes de la Via Traiana, la Basílica Civil amb la Sala de les Tres Gràcies, la Sacello delle divinità orientali, la porticata plaça, el cryptoportico i banys termals. Entre els edificis de culte Cristià, nascut entre el IV i el segle VI. A. D., La Basílica Episcopal, amb el baptisteri i el Sud de la Basílica, que originalment va ser pavimentat amb mosaici.Il museu, construït el 1975 fora de les muralles de l'antiga Gnathia, a la vora de l'oest de la necròpolis, ha acollit des de l'any 1981 d'una sèrie d'exposicions temporals, també el manteniment d'una didàctica exposició 'Egnazia, història i monuments". L'actual disseny, situat a l'entresòl on la gestió i la Secretaria oficines estan ubicats, es va inaugurar en juliol de 2013. L'exposició, dividida en 7 apartats, narra les històries que han caracteritzat la Recerca Arqueològica en Egnazia i l'evolució històrica del lloc des del segle xvi. B. C. fins al segle XIII, A. D., època de la suspensió. Les troballes i imatges il·lustren les peculiaritats que caracteritzen el primer assentament de barraques a l'Edat de Bronze, la influència de la iapigian i Messapian la cultura, l'època Romana i paleocristiana de les fases, amb la ciutat convertint-se en un bisbat. El darrer apartat recull testimonis relacionats amb el Llombard presència i els últims vestigis de frequentation de la zona. Les troballes procedeixen de les excavacions dutes a terme en el poble i en la necròpolis de Egnazia, però també des del territori.Les bases del museu també inclou un messapic cambra de tomba del segle iv. AC, l'anomenat Magrana Tomba.